제2차 수산진흥종합대책(2005~2009)은 ‘풍요로운 바다, 쾌적한 정주환경의 복지어촌 건설’을 비전으로 제시하고, ‘수산업의 경쟁력 강화와 어업인의 경영 안정’을 목표로 설정하였다. 그리고 목표 달성을 위해 다음과 같은 8대 중점과제를 추진하기로 하였다.
1) WTO/FTA 협상 대응
① WTO/FTA 협상에 적극 대처
② WTO/FTA 협상단계별 국내대책 마련
③ 수산발전기금 확충 등 지원제도 정비
④ 수산업 재해보험제도 확충
2) 수산자원 회복을 위한 어업관리체계 구축
① 수산자원회복계획 수립ㆍ추진
② 자율관리어업의 전국 확대 및 활성화
③ 적극적인 수산자원 조성
④ 총허용어획량(TAC)제도 정착
⑤ 지속이용 가능한 적정 어획강도 유지
3) 생산구조 개편을 통한 경쟁력 있는 수산업 실현
① 자원회복 및 경쟁력 확보를 위한 연근해어업 구조조정
② 양식어업 구조조정 및 시설 현대화
③ 원양어업 구조 조정
4) 선진 어업질서의 정착
① 어업질서 확립을 위한 불법어업 근절대책 지속 추진
② 불법소형기선저인망어선의 매입정리 추진
③ 불법어업 지도단속 장비확충 및 현대화
④ 무면허․초과시설 등 불법 양식시설 근절
5) 해양환경 개선과 친환경어업 추진
① 해양환경 개선으로 깨끗한 바다 조성
② 연안어장 정화 및 양식 수산물 질병 관리체계 확립
③ 어류양식장 자가오염 방지를 위한 배합사료 공급률 확대
④ 적조의 신속대응 및 방제강화
⑤ 친환경적인 어구․어법개발 및 내수면 생태계 보전
6) 소비자 지향적인 수산식품산업의 육성
① 수산물의 웰빙식품으로서의 인식제고와 마케팅 강화
② 수산물 유통․물류체계 개선
③ 시장 지향적 수산물 수급시스템의 구축
7) 수산업에 대한 새로운 발전동력 확보
① 수산선도인력의 지속적 육성
② 수산업협동조합의 조기 경영정상화 추진
③ 수산연구 개발투자 확충과 개발기술의 실용화
④ 수산종합정보화체계 구축과 어촌정보 인프라 확충
8) 어촌지역 활성화와 어업인 복지 확충
① 쾌적하고 살기 좋은 어촌․어항의 종합개발
② 어업외 소득원 개발을 위한 어촌관광 육성
③ 어촌 주민의 복지후생과 삶의 질 향상
정부는 이와 같은 내용의 제2차 수산진흥종합대책을 추진하기 위해 2005~2009년에 총 5조 5,822억 원의 투융자를 실행하기로 계획을 세웠다.