2013년 전국 예방접종률 조사 목표 모집단은 2012년 12월 31일 기준으로 만3세 주민등록상 인구이며, 조사모집단은 질병관리본부 ‘예방접종등록관리 정보시스템’에 접종내역이 등록된 만 3세(2009년 1월∼12월 출생자) 아동을 대상으로 하였다. 예방접종 등록시스템에 등록된 아동 중 20배수의 조사 대상자를 추출하여, 이들 중 예방접종수첩을 보유하고 있는 아동의 보호자를 대상으로 컴퓨터 전화조사 방법으로 진행하였으며 최종 6,909명을 대상으로 조사를 완료하였다.
주요공표항목은 만3세 국가예방접종률로써 접종별(필수, 기타) 완전 접종률과 시리즈별 완전 접종률을 작성하고 완전 접종률에 영향을 미치는 요인으로 부모의 연령, 부모의 교육수준, 부모의 일자리 유무, 거주지역, 의료보장상태 등에 관련한 통계를 작성·공표하였다.