조사방법은 전수조사로 진행되었으며, 모집단(母集團) 조사기준일(또는 조사일) 현재 세종시에 소재하는 종사자 1인 이상인 모든 사업체(단, 개인이 경영하는 농·림·어업사업체, 국방 및 가사서비스업, 국제기구 및 외국기관, 고정설비가 없거나 영업장소가 일정치 않은 간이 판매상은 제외)를 대상으로 조사가 실시되었다. 조사자료는 2007년 12월 개정된 제 9차 한국표준산업분류를 적용하였다.
조사주기는 1년으로 조사원이 사업체를 직접 방문하여 면접조사를 원칙으로 하되, 배포조사, 우편조사, 인터넷조사 병행 실시하였다.
세종특별자치시 사업체조사는 사업체 현황과 종사자 수 등 13개의 전국 공통항목과 사업장 점유형태와 사업장 확장계획 등 2개의 세종시 추가항목에 대해 조사한다. 조사항목은 사업체의 사업체명, 대표자명, 대표자 성별, 대표자 연령, 소재지, 창설연월, 조직형태, 사업체 구분, 사업자등록번호, 법인등록번호, 사업의 종류, 종사자 수, 연간매출액 등으로 구성된다.
조사결과는 세종특별자치시 사업체조사 보고서로 간행되며 언론(보도자료), 전산망(인터넷)을 통하여 공표된다.