지방자치발전위회는 ‘자치제도, 지방분권, 행정체제에 관한 개편안 마련(중앙과 지방의 사무구분체계 정비 등 20개 과제)’, ‘지방자치발전 종합계획 수립 및 연도별 시행계획 마련·시행’, ‘지방자치관련 법령의 제·개정시 위원회 차원의 의견제출’, ‘부처 및 지자체 실천계획에 대한 이행상황 점검·평가’를 주요 기능으로 하고 있다. 조직은 위원장, 부위원장(행정자치부 장관, 위촉 위원 중에서 1인을 대통령이 위촉) 및 위원 (26인)이며, 위원은 당연직 위원 3인(부총리 겸 기획재정부 장관, 행정자치부 장관, 국무조정실장), 위촉위원 23인(대통령 추천 위원 5인, 국회의장 추천 위원 10인, 전국시도지사협의회장 추천 위원 2인, 전국시도의회의장협의회장 추천 위원 2인, 전국시장군수구청장협의회장 추천 위원 2인, 전국시군자치구의회의장협의회장 추천 위원 2인)으로 구성된다.
한편 위원회는 과제의 효과적 추진을 위하여 다음과 같은 3개 분과를 구성하였다.
첫째, 자치제도분과위원회에서는 지방자치발전 종합계획 및 연도별 시행계획 수립, 지방자치발전과제 이행상황의 점검·평가, 지방의회 활성화 및 책임성 제고, 지방선거제도 개선, 주민직접참여제도의 강화, 자치경찰제도 도입 등을 담당하였다.
둘째, 지방분권분과위원회에서는 지방 재정 확충 및 건전성 강화, 교육자치와 지방자치의 통합, 특별지방행정기관의 정비, 지방자치단체 평가제도 개선, 자치사무와 국가사무의 사무구분체계 정비, 중앙권한 및 사무의 지방이양, 중앙권한 및 사무의 지방이양 이행상황의 점검·평가 등을 맡고 있다.
셋째, 행정체제개편분과위원회에서는 특별·광역시 자치구, 군의 지위 및 기능 개편, 도의 지위 및 기능 재정립, 대도시 특례 제도 개선, 읍·면·동 주민자치회 설치·운영, 지방자치단체 기관구성 형태 다양화, 국가와 지방자치단체 간 협력 체제 정립, 지방자치단체 간 행정협력 체제 정립, 시·군·구 통합 및 통합지방자치단체 특례 발굴, 지방자치단체 소규모 읍·면·동 통합방안 마련, 지방자치단체 간 행정구역 경계조정 제도 개선 등을 주여 업무로 하였다.