지방자치단체 사이에 분쟁이 발생하는 경우의 해결방안으로 「지방자치법」 제148조에서는 분쟁조정위원회를 통한 분쟁조정 절차를 규정하고 있다. 지방자치단체 상호 간이나 지방자치단체의 장 상호 간 사무를 처리할 때 의견이 달라 다툼이 생길 경우에, 다른 법률에 특별한 규정이 없으면 행정자치부장관이나 시·도지사가 당사자의 신청에 따라 또는 직권으로 조정할 수 있는 데(「지방자치법」 제148조 제1항), 행정자치부장관이나 시·도지사가 조정하고자 할 때에는 관계 중앙행정기관의 장과의 협의를 거쳐 지방자치단체 중앙분쟁조정위원회(이하 중분위라 칭함)나 지방자치단체 시도분쟁조정위원회의 의결에 따라 조정하여야 한다(동조 제3항).
이 가운데 중분위는 행정자치부에 두는 데, 위원장을 포함한 11명 이내의 위원으로 구성된다(「지방자치법」 제149조 제4항). 위원장과 위원 중 5명은 대학교수, 판사, 검사, 변호사 등으로 일정기간 재직 중이거나 재직한 자 중에서 중에서 행정안전부장관의 제청으로 대통령이 임명하거나 위촉하고, 대통령령으로 정하는 중앙행정기관 소속 공무원은 당연직위원이 된다(동조 제5항).
행정자치부장관이 중분위의 심의·의결에 따라 분쟁조정에 대한 결정을 하면 서면으로 지체 없이 관계 지방자치단체의 장에게 통보하여야 하며, 통보를 받은 지방자치단체의 장은 그 조정 결정사항을 이행하여야 한다(「지방자치법」 제148조 제6항).
조정 결정사항 중 예산이 수반되는 사항은 관계 지방자치단체가 필요한 예산을 우선적으로 편성하여야 하고, 연차적으로 추진하여야 할 사항은 연도별 추진계획을 수립하여 행정자치부장관이나 시·도지사에게 보고하여야 한다(동조 제5항).
또한, 행정자치부장관은 조정 결정에 따른 시설의 설치 또는 역무의 제공으로 이익을 받거나 그 원인을 일으켰다고 인정되는 지방자치단체에 대하여는 그 시설비나 운영비 등의 전부나 일부를 행정자치부장관이 정하는 기준에 따라 부담하게 할 수 있다(동조 제6항).
그리고 행정자치부장관은 위의 조정 결정사항이 성실히 이행되지 아니하면 해당 지방자치단체에 대하여 「지방자치법」 제170조에 의거하여 지방자치단체의 장에 대한 직무이행명령을 발하고 불이행시 대집행을 하는 등의 방법을 적용할 수 있다(동조 제7항).