「지방자치단체의 행정기구 및 정원기준 등에 관한 규정」은 전체 6장으로 구성되어 있는다. 제1장 총칙, 제2장 시·도의 기구, 제3장 시·군·구의 기구, 제4장 시·도, 시·군·구의 의회사무기구 및 직속기관 등, 제5장 지방공무원의 정원, 제6장 보칙이다.
주요 내용을 보면 동 규정은 기구와 정원의 관리목표의 기준으로 우선 소관 행정사무를 효율적으로 수행할 수 있도록 지역여건·업무의 성질과 양 등에 따라 정원을 적정하게 관리하여야 하며, 지방행정기관의 조직은 서로 기능상의 중복이 없도록 하여야 하며, 종합적이고 체계적으로 편성하여야 하고, 더불어 지방행정기관의 기능과 업무량이 변경될 경우에는 그에 따라 지방행정기관의 조직과 정원도 조정하여야 한다고 제시하고 있다.
이와 함께 기구설치시 고려사항으로 기구의 목적과 기능의 명확성·독자성·계속성, 기구가 수행하여야 할 사무 또는 사업의 성질과 양에 따른 규모의 적정성, 규모와 기능이 유사한 다른 기관과의 균형성, 주민편의, 행정능률 등을 고려한 효율성, 통솔범위, 기능의 중복유무 등 기구의 능률성, 사무의 위탁 가능성을 고려해야 함을 지적하고 있다. 또한, 정원책정 기준으로는 ①지방자치단체의 인구수 및 다른 지방자치단체와의 균형 등을 고려하여 정원을 책정, ②지방자치단체 업무의 성질·난이도·책임도 등을 고려하여 직급별 정원을 책정, 1개의 직위당 1개의 직급 부여(다만, 업무의 성질상 일반관리업무가 전체 업무의 100분의 50을 넘는 직위는 동일계급 내에서 행정직과 다른 일반직의 복수 직렬로 할 수 있으며, 업무의 성격이 특수하거나 1개의 직위에 2개 이상의 이질적인 업무가 복합되어 있는 경우에는 4개의 직렬을 초과하지 않는 범위 내에서 복수 직렬로 할 수 있음), ③1개의 직위는 일반직과 별정직의 복수직 부여 불가(다만, 이 영 또는 다른 법령에서 일반직공무원을 갈음하여 별정직공무원으로 임명할 수 있도록 한 직위에 대해서는 가능), ④1개의 직위에 일반임기제공무원을 임용하는 경우에는 그 일반임기제공무원의 근무기간 동안 그 직위에 상응하는 직급의 정원을 결원으로 유지하여야 한다는 점 등을 명시하고 있다.
한편, 보완적 장치로써 행정자치부장관은 행정자치부령으로 정하는 바에 따라 지방자치단체의 기구와 정원의 관리·운영 상황을 분석하고, 조직 운용의 효율성이 지나치게 낮은 지방자치단체에 대한 조직 진단 실시와 조직 분석·진단 결과상 필요하다고 인정하는 경우에는 해당 지방자치단체에 대한 조직 개편 등이 포함된 조직관리 개선 계획을 수립하여 시행할 수 있도록 규정하고 있다.