지방이양추진위원회는 위원장 2인(국무총리와 대통령이 위촉하는 민간인)을 포함해서 15인∼20인 이내의 위원으로 행정자치부장관, 기획예산처장관, 국무조정실장, 법제처장 및 행정자치부장관이 추천하는 4인 이내의 지방자치단체의 장, 그 밖에 대통령이 위촉하는 민간인위원으로 구성되어 있다. 한편 지방이양추진위원회는 3개의 실무위원회(행정실무위원회, 산업·건설분야실무위원회, 농수산·복지분야실무위원회)를 두었는데, 각 실무위원회는 위원회의 심의·의결사항에 대한 사전 검토 등 위원회의 업무를 효율적으로 지원하기 위해 조직되었다. 그리고 각 실무위원회의 업무를 효율적으로 수행하기 위하여 분야별로 5개 이내의 분과위원회를 둘 수 있도록 하였다.
지방이양추진위원회 운영의 기본방향은 여섯 가지인데, ①중앙은 ‘정책기획기능, 지방은 집행기능에 충실하도록 역할 재배분, ②관련 기능의 총체적 지방이양으로 권한과 책임의 일치 도모, ③중앙의 논리 중심에서 지방의 논리 중심으로 과감한 지방이양, ④중앙과 지방의 기능이 중복되는 경우 지방에 우선하여 배분, ⑤주민생활에 가장 가까운 기초자치단체에 우선적으로 권한이양 확대, ⑥기능이양에 따른 행정적, 재정적 지원 병행 등 사후관리 철저이다.
지방이양추진위원회는 과거 지방이양합동심의회가 총무처 소속으로 법령상 설치 근거가 없이 총무처 직제(대통령령)와 국무총리 지시에 의한 조직관리지침으로 운영되었던 것과 달리, 법률「중앙행정권한의 지방이양촉진 등에 관한 법률」에 명백한 근거를 두고 있다는 점에서 우의미를 갖는다. 또한, 과거 지방이양합동심의회가 총무처 조직국장(이후 소관국의 변경에 따라 행정자치부 행정관리국장, 자치지원국장으로 변경됨)을 위원장으로 하고 심의위원들은 주로 관계부처의 과장급 공무원(총리실 행정조정실 일반행정담당과장, 법제처 총무처담당 법제관, 총무처 제도1과장, 내무부 지방기획과장), 중앙부처 및 지방자치단체의 과장과 실무담당 사무관, 교수 및 연구기관의 전문가로 구성되어 있었던 것과는 달리, 지방이양추진위원회는 대통령 소속기관으로 설치함으로써 그 위상을 제고하여 업무 추진의 효과성을 높인 것은 물론, 위원회의 위원장도 국무총리와 대통령이 위촉하는 민간인이 공동으로 맡도록 함으로써 민간 부문의 의견 반영을 한층 강화하였다는 점에서도 의미를 갖는다.