특별자치도는 도와 기능적으로 거의 동일하지만, 관련 법률에 의거해 고도의 자치권이 보장되는 자치단체로 제주특별자치도가 유일하다. 「지방자치법」 제174조 제2항은 “제주특별자치도의 지위·조직 및 행정·재정 등의 운영에 대하여는 행정체제의 특수성을 고려하여 법률로 정하는 바에 따라 특례를 둘 수 있다”라고 규정하고 있다. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제3항은 “제주자치도는 이 법이 정하는 범위 안에서 특수한 지위를 가진다”라고 하여, 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」이 정하는 범위 내에서 「지방자치법」이 정하는 광역지방자치단체와 다른 ‘특수한 지위’를 규정하고 있다. 이러한 특수한 지위는 「지방자치법」 제174조가 정하는 것에서 보는 바와 같이 ‘행정체제의 특수성’을 고려하여 보장되는, 즉 그 지위·조직 및 행정과 재정 등의 운영에 대한 특례를 통하여 보장된다.
구체적으로 행정조직의 구성과 관련해서는 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제1항은 “제주자치도는 지방자치법 제2조 제1항 및 제3조 제2항의 규정에도 불구하고 그 관할구역 안에 지방자치단체인 시와 군을 두지 아니한다”라고 규정하고 있는 바, 광역지방자치단체의 관할 내에 설치된 4개의 시·군을 폐지하고 제주특별자치도로의 행정 체제의 단층화를 형성하고 있다. 다음 사무특례의 경우 여타 광역자치단체와 달리 「제주특별자치도법」에서 정하고 있는 국가와 특별자치도의 관계에서 출발한다.
「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제4조는 제주특별자치도에 대한 국가의 책무를 다음과 같이 규정하고 있다. ①국가는 제주특별자치도의 지방자치의 보장 및 국제자유도시의 실현에 필요한 관련 법령의 지속적인 정비 등 입법·행정상 조치를 하여야 한다. ②국가는 제주특별자치도의 운영 목표 및 그 목표 달성도에 대한 평가 등을 통하여 제주특별자치도의 선진적인 지방분권의 실현과 국제자유도시의 조성을 위한 방안 및 시책을 마련하여야 한다. ③국가는 제주특별자치도의 자발적인 성과 제고 노력을 유발하기 위하여 국세의 세목을 이양하거나 제주특별자치도에서 징수되는 국세를 이양하는 등 행정·재정적 우대방안을 마련하여 조속히 시행하여야 한다. ④국가는 이 법의 시행으로 인하여 폐지되는 종전의 제주도가 누리던 행정·재정상의 이익을 제주특별자치도가 향유할 수 있도록 하여야 한다.
이에 대하여 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제5조에서는 국가에 대한 제주특별자치도의 책무를 규정하고 있는 바, ①제주특별자치도는 제주특별자치도에 대한 국가정책의 수립 및 시행에 적극 협력하여야 한다, ②제주특별자치도는 이 법에 따라 조례로 정하도록 하거나 정할 수 있도록 한 사항에 대하여는 이 법의 취지에 맞게 「제주특별자치도조례」를 제정·개정하거나 폐지하는 조치를 하여야 한다, ③제주특별자치도는 국무총리와 제주특별자치도의 성과목표 미 평가에 관한 협약(자치경찰 및 교육자치에 관한 사항을 포함한다)을 체결해야 한다. 이 경우 국무총리는 중앙행정기관의 권한 이양 및 규제완화 등의 결과가 제주특별자치도의 발전과 성장에 기여하고 있는지에 대한 평가와 그 평가결과에 따른 제도 보완 등에 관하여 미리 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여야 한다고 규정하고 있다.
이와 더불어 「제주특별자치도법」 제9조 제1항은 “제주특별도지사는 제주특별자치도의회 재적의원 3분의 2 이상의 동의를 얻어 제주특별자치도와 관련하여 법률에 반영할 필요가 있는 사항에 대한 의견을 지원위원회에 제출할 수 있다”라고 하여, 제주특별자치도에 대하여 법률안 제출 및 입법 반영권을 부여하고 있다.
이처럼 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」은 일반 광역지방자치단체와 다른 국가와 제주특별자치도의 관계를 규정하고 있는 바, 이는 타 지방자치단체와 차별되는 제주특별자치도의 독자적 지위 및 타 광역지방자치단체와 다른 특수한 지위에 부과되는 국가의 책무 내지 제주특별자치도의 임무·권한 등을 보여주고 있다. 제주특별자치도는 제주도의 국제도시 지향과 자치권 강화라는 의미와 함께 향후 지방자치 발전을 위한 시범적 운영의 사례로써 의미를 갖는다.