에너지 특별회계제도에서 에너지 및 자원 관련 사업은 에너지 안정수급, 에너지 자원개발, 에너지 기술 R&D, 에너지 안전, 해외자원개발 사업 등을 망라하고 있고, 에너지 및 자원관련 기관은 상기 에너지·자원정책을 수행하는 국가 에너지정책 수행기관으로 규정하였다.
에너지 특별회계제도의 계정 구조는 투자계정 및 융자 및 유가완충계정으로 구분되며, 투자계정은 투자·보조·출연 등 1회의 지출로 지원을 완료하는 성격을 가지는 반면, 융자 및 유가완충계정은 회전자금 또는 유가완충자금 운용·관리 성격을 가진다.
투자계정은 석유수입 및 판매 부과금, 가스안전관리부담금, 일반회계 및 다른 특별회계나 기금으로부터의 전입금 등을 세입으로 구성하고, 에너지자원기술개발, 기후변화협약 대응, 국내외유전개발, 신재생에너지개발사업, 석유비축, 가스안전공급 등과 같은 에너지 및 자원 관련 사업에 대한 사업비, 투자, 보조 또는 출연 등의 세출을 관장하는 내역으로 에너지자원 정책의 토대가 되었다.
융자 및 유가완충계정은 특별회계 소관 융자원리금 수입과 기타 전입금, 차입금 등을 세입으로 하고 에너지 및 자원 관련 사업에 대한 융자와 국내 유가안정을 위한 유가완충 지출을 세출로 구분하였으나, 유가완충사업은 비상시에 대비한 자금관리의 성격을 보유하기에 융자계정과 통합되었다.
에너지 및 자원 관련 사업을 수행하는 기관으로서 정부가 에특회계에서 출자 및 융자할 수 있는 기관으로 ①「한국석유공사법」에 의한 한국석유공사, ②「대한석탄공사법」에 의한 대한석탄공사, ③「한국광물자원공사법」에 따른 한국광물자원 등을 포함하고 있다.