제1차 수산자원관리기본계획은 '과학적 수산자원관리를 통한 고갈자원의 회복과 지속적 수산자원량 수준 유지'를 정책 지표로 설정하고, 2015년의 연근해 수산자원량 1,000만 톤(2009년 831만 톤), 어획량 150만 톤(2009년 123만 톤)을 목표로 하였다. 그리고 이와 같은 정책지표와 목표를 달성하기 위해 5개의 중점과제와 세부추진과제를 제시하였다.
주요 내용을 정리하면 다음과 같다.
1) 수산자원의 과학적 조사·평가 체계 구축
① 조사전문 인력 및 장비 확충, 자원조사 내용 확대로 조사결과의 유용성 증대, 수산자원종합정보시스템 구축
2) 자원회복을 통한 지속가능한 어업생산 기반 유지
① 수산자원회복계획은 특별한 자원관리가 필요한 어종을 대상으로 정밀자원 조사·평가를 거쳐 관리방안을 제시하고, 제시된 관리방안은 〈중앙수산자원관리위원회〉 심의를 거쳐 제도 개선 등을 추진
② 바다목장, 바다숲 등 자원조성사업은 어초 투입 등 H/W 중심의 사업 방식에서 벗어나 기 시설된 바다목장, 바다숲의 사후관리 및 어촌관광, 수산물 브랜드화와 같은 수익사업 활용 등 S/W 중심으로 개선
3) 어종별 총허용어획량(TAC) 제도 강화 및 활성화
① 대상 어종은 점차 늘려가되 지역성이 강한 어종(제주 소라, 참홍어 등)은 단계적으로 지자체로 관리 체계를 이관
② 매년 반복적으로 나타나는 총허용어획량 추가 물량 요구문제 해소를 위해 정부 유보량 확대, 시·도간 전배 활성화, 차기년도 총허용어획량 설정 시 어업인 의견수렴 강화 등을 추진
③ 장기적으로 양도성 개별 할당량(ITQ/Individual Transferable Quota) 도입 검토
4) 수산자원 서식지 및 생태환경 관리의 실효성 유지
① 수산자원 보호 목적과 주민불편 해소 측면을 모두 고려하여 규제 완화 등 수산자원보호구역 제도의 실효적 개선을 추진
5) 자율관리어업의 선진화
① 2015년까지 전체 어촌계의 60%인 1,200개 공동체 구성을 목표로 추진
② 단, 정부의존형 공동체에서 벗어나 자립능력을 갖출 수 있도록 교육 및 홍보 지원을 강화
③ 자원관리에 성공적인 선진 공동체를 중심으로 자율관리 공동체 간 통합마케팅(브랜드화, 대형 유통업체와 직거래)을 추진하여 어업인들의 실질적인 소득 증대에 기여하도록 유도
수산자원관리기본계획은 「수산자원관리법」에 따라 시·도로 통보되며, 시·도에서는 이를 기본으로 매년 수산자원관리시행계획을 수립하여 추진하여야 한다.