차별시정제도는 「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」과 「파견근로자보호 등에 관한 법률」에서 새로이 도입된 제도로 사용자가 비정규직 근로자(기간제·단시간·파견근로자)를 동종 또는 유사한 업무에 종사하는 비교대상근로자(무기계약근로자·통상근로자·직접고용근로자)에 비하여 임금 그 밖의 근로조건 등에 있어서 합리적인 이유 없이 불리하게 처우하는 것을 금지하는 제도이다. 기간제 근로자 또는 단시간 근로자가 사용자로부터 차별적 처우를 당한 경우에는 노동위원회에 그 시정을 신청할 수 있다(기간제 및 단시간 근로자보호 등에 관한 법률」 제9조 제1항). 다만, 차별시정신청은 노동위원회에 차별적 처우가 있는 시점(계속되는 차별의 경우에는 그 종료일)부터 6개월이 경과하기 전에 하여야 한다(제9조 제1항 단서).
차별적 처우가 있으면 노동위원회는 사용자에게 시정명령을 하여야 하고, 사용자가 확정된 노동위원회의 시정명령을 이행하지 않으면 1억 원 이하의 과태료에 처해진다(제24조 제1항). 파견근로자가 노동위원회에 차별시정을 신청하는 절차와 방법은 「기간제 및 단시간근로자보호 등에 관한 법률」의 규정을 준용한다(제21조).
이러한 차별시정제도의 도입에도 불구하고 차별시정 신청은 활발하게 활용되지 못했다. 그 원인 중의 하나로 신청권자가 근로자 개인으로 제한된 것이라고 보고, 2012년 2월 1일에 「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」과 「파견근로자보호 등에 관한 법률」을 개정하였다. 개정법은 고용노동부장관에게도 차별시정을 요구할 수 있는 권한을 부여하였고, 사용자가 이에 응하지 않을 경우 이를 노동위원회에 통보하고 노동위원회를 통한 시정절차가 개시되도록 하였다(제15조의2).