제3차 지하수관리기본계획의 내용은 총 7장으로 구성되어 있다.
장별 내용을 보면 다음과 같다.
1) 지하수관리기본계획의 기조
의의 및 추진연혁, 수립배경, 현황 및 문제점, 비전 및 목표를 다루고 있다.
2) 개발·이용 계획
기본방향, 가뭄 대비 지하수 지원체계, 대용량 지하수원 개발, 유출 지하수 이용, 수변지역 지하수 이용, 지하수 인공 함양, 농어촌 지하수 개발 주제가 다루어지고 있다.
3) 보전·관리계획
기본방향, 지하수 시설관리, 지하수보전구역, 지하수장해관리, 먹는 샘물 및 온천 관리, 제주도 지하수 관리로 구성되어 있다.
4) 수질관리계획
기본계획, 사전예방적 수질 보전·관리, 수질 보전을 통한 이용가치 제고, 오염 지하수 사후관리 강화, 수질 관련 산업 육성과 같은 5개의 주제가 다루어지고 있다.
5) 조사·관측 및 연구개발계획
기본방향, 지하수 기초조사, 지하수시설 전수조사, 지하수 관측, 지하수정보관리, 연구개발과 같은 항목이 취급되고 있다.
6) 관리기반 강화계획
기본방향, 제도개선, 관리 인프라 강화, 교육다변화, 홍보강화 주제가 다루어지고 있다.
7) 추진계획
단계적 추진계획과 투자계획으로 마무리하여 제3차 지하수관리기본계획의 실천력을 뒷받침하고 있다.
「수도법」 제6조에 근거하여 2012년에 국토해양부에 의해 수립된 제3차 지하수관리기본계획은 수자원장기종합계획(2011-2020)의 기본 이념인 “2020 녹색국토를 위한 물 강국 실현”의 지하수 부분 정책방향을 공유함으로써 우리나라 지하수의 미래비전을 제시한 계획이다.
또한 본 기본계획은 수자원으로ㅆ의 미래가치 창출을 위한 지하수의 활용과 보전에 관한 합리적이고 체계적인 방안을 모색하였다는 데에 그 의미가 크다. 이와 더불어 본 계획이 지하수 개발·이용과 보전·관리에 기본 지침이 되는 계획이라는 점에서도 그 의의가 있다.