재정사업을 수행하는 부처가 자율적으로 평가하고 기획재정부가 확인·점검한 평가 결과를 재정 운용에 활용하기 위한 제도로써 2005년도부터 시행되었으며, 2006년부터 정부업무평가의 자체평가 한 부문으로 시행되고 있다. 따라서 중앙행정기관은 자체평가위원회를 구성하되 재정사업 평가를 위한 소위원회 또는 분과위원회 등을 운영하고 있으며, 기획재정부는 중앙행정기관의 자체평가에 대한 확인·점검을 메타평가 방식으로 수행하고 있다.
재정사업 자율평가의 지표는 계획, 관리, 성과·환류 단계로 구분된다.
계획 단계는 사업계획과 성과계획으로 나뉘는 데, 사업계획의 경우 사업목적이 명확하고 성과목표 달성에 부합하는지, 다른 사업과 불필요하게 유사하거나 중복되지는 않는지, 사업내용이 적정하고 추진방식이 효율적인지 등을 평가한다.
성과계획의 경우 성과지표가 사업목적과 명확한 연계성을 가지고 있는지, 성과지표의 목표치가 구체적이고 합리적으로 설정되어 있는지를 평가한다.
관리 단계에서는 예산이 계획대로 집행되었는지, 사업추진상황을 정기적으로 모니터링하고 있는지, 사업 추진 중 발생한 문제점을 해결하였는지, 정보시스템을 적정하게 운영하면서 개선하고 있는지 등을 평가한다.
성과·환류 단계에서는 계획된 성과지표의 목표치를 달성하였는지, 사업이 효과적으로 수행되는지를 점검하기 위한 사업평가를 실시하였는지, 평가결과 및 외부 지적사상을 사업구조 개선에 환류하였는지 등을 평가한다.
평가 결과의 산출은 평가지표별 점수를 종합하여 사업별로 5단계 등급으로 분류하는데, 90점 이상 매우 우수의 경우 5%, 50점 미만 매우 미흡의 경우도 5%를 강제적으로 할당하도록 되어 있다. 평가의 관대화 경향을 방지하고 상기 등급 간 점수 및 비율을 만족하도록 상대평가를 실시하는 데 다만, 평가대상 사업수가 5개 이하인 부처는 상대평가 적용에서 제외하고, 기획재정부의 확인·점검을 통해 최종 등급을 확정한다.
평가 결과는 사업별로 기관별로 반영되는 데, 사업별 평가결과의 경우 ‘우수’ 이상 등급 사업은 원칙적으로 예산을 증액하고 ‘미흡’ 이하 등급 사업은 예산 10% 이상을 삭감한다. 기관별 평가결과의 경우 확인·점검 결과에 따라 기관별 인센티브 및 페널티 등을 부여하여 우수 부처의 경우 원칙적으로 부처의 평가결과를 그대로 인정하고 차년도 미흡비율 하향 등의 인센티브를 부여한다. 미흡 부처의 경우는 부처 기본경비 등을 삭감하고 차년도 미흡비율의 상향 등의 불이익을 부과한다.
2005년도의 재정사업자율평가 제도는 기금의 사업평가 기준을 자율평가 기준으로 일원화하여 평가의 중복성을 해소하고자 하였으며, 평가 완료 사업에 대한 재평가 절차를 도입하여 성과 정보를 지속적으로 관리하여 재정 운용에 활용하고자 하였다. 2008년에는 사업등급을 4등급에서 5등급으로 조정하여 ‘매우 미흡 사업’을 추가하였으며, 2009년에는 총괄기관의 변경에 따라, 일반재정, 정보화, R&D로 나누어 평가를 실시하기도 하였다. 2011년에는 부처 자체평가의 상대평가제를 도입하여 부처의 관대화 평가 관행을 개선하고자 하였으며, ‘우수’ 이상 등급은 20% 이내, ‘미흡’ 이하 등급은 10% 이상으로 평가 사업수가 5개 이하의 부처를 제외하고 적용하도록 하였다. 2012년에는 이 제도를 의무화하였으며, 2015년에는 ‘미흡’ 이하 등급을 15% 이상으로 상향 조정하였다.