한미경제원조협정의 규정에 의한 자금을 운용하기 위하여 한미경제원조협정에 의한 대충자금운용특별회계법이 1950년 4월 1일에 제정되어 1951년 1년 동안 운영되다 폐지되고 6 25사변 후인 1954년 3월 12일에 다시 대충자금특별회계법이 제정·공포되기에 이른다. 대충자금특별회계는 미국이 대한민국의 경제재건과 재정금융의 안정을 위하여 무상으로 공급하는 원조자금을 운용하기 위하여 재무부장관의 관리 하에 설치된 것으로 적립금계정, 징수계정, 전입금계정, 그리고 융자계정으로 구분하여 계리하였다.
5·16 군사정변 이후 정부는 종합적인 경제개발계획을 수립·추진하면서 이 과정에 소요되는 자금을 효율적으로 운용·관리하기 위하여 각종 특별회계를 설치하였다. 1961년 12월 31일과 1962년 11월 28일 「재정자금운용특별회계법」과 「경제개발특별회계법」의 제정, 1973년 12월 3일 「경제개발특별회계법」의 개정 및 기타 특별회계법의 폐지에 따른 경제개발특별회계의 정비 1977년 1월 1일 부터의 자금관리특별회계의 설치 1988년 1월 1일부터 재정투융자특별회계법의 시행 등으로 재정투융자제도와 정부관리 자금운용제도가 크게 변화였다.
재정융자와 재정투자를 별도의 특별회계로 운영한 것은 1962년부터 1973년까지였고 1974년부터 1976년까지는 종래 경제개발특별회계, 재정자금운용특별회계, 그리고 대충자금특별회계로 이원적으로 운영되던 재정투융자업무가 경제개발특별회계로 일원화되어 운용하였다. 종래에 경제개발특별회계, 재정자금운용특별회계 대충자금특별회계 등으로 운용되던 재정투융자 업무는 1973년 12월 30일에 「경제개발특별회계법」을 개정함에 따라서 재정자금운용특별회계 및 대충자금특별회계가 폐지·통합하게 되어 경제개발특별회계로 일원화되었다. 1973년 12월 4일 국민투자기금법이 제청되어 새로운 재정융자창구로서 국민투자기금을 설치하도록 하였고 따라서 경제개발특별회계의 업무조정도 있었다.
재정투융자특별회계의 가장 중요한 특징은 역시 재정투자와 재정융자를 다시 하나의 특별회계로 통합시켰다는 것이다. 일반회계로부터 기금에의 출연금 또는 전출금 형태로의 특별회계에 대한 지원은 1987년까지는 개별적으로 이루어져 왔으나 1988년부터는 재정투융자특별회계가 총괄하여 담당하였다.