1961년에 제정된 「예산회계법」과 2007년에 제정된 「국가재정법」에서 똑같이 국가의 회계는 일반회계와 특별회계로 구분한다고 규정하고, 국가에서 특정한 사업을 운영하거나. 특정한 자금을 보유하여 운용하거나, 기타 특정한 세입으로 특정한 세출에 충당함으로써 일반회계와 구분하여 계리할 필요가 있을 때 특별회계를 설치 운영할 수 있도록 하고 있다.
특별회계는 여러 가지로 분류될 수 있는데, 정부기업특별회계, 자금 또는 기금특별회계, 관리특별회계, 임시특별회계로 분류된다. 기업특별회계는 과거에 관기업특별회계라고 불렀으나 1962년에 제정된 「기업예산회계법」이 정부기업이라는 용어를 사용함으로써 정부기업특별회계라고 부르게 되었는데, 줄여서 기업특별회계라고 하였다. 자금 또는 기금특별회계는 일정한 자금을 보유하여 그 자금을 운용할 때, 일반회계와 구분하여 계리하기 위하여 설치한 것으로 대충자금 특별회계, 재정자금운용특별회계, 국채금특별회계, 재정투융자특별회계, 군인연금특별회계, 산재보험특별회계 등이 이에 해당된다. 관리특별회계는 그 사업의 내용이 일반행정이지만, 일반회계와 구분하여 계리하는 것으로 구황실재산관리특별회계, 농지개혁사업특별회계 등이 이에 해당한다. 과거의 국방비특별회계, 전란수습비특별회계 등과 같이 임시방편이지만 긴급히 설치된 것이 임시특별회계이다.
「국가재정법」(2006) 제 4조에서는 국가가 ①특정한 사업을 운영하고자 할 때, ②특정한 자금을 보유하여 운용하고자 할 때, ③ 특정한 세입으로 특정한 세출에 충당함으로써 일반회계와 구분하여 계리할 필요가 있을 때에 법률로써 설치할 수 있도록 설치요건에 대하여 규정하였다. 특별회계는 다시 기업특별회계와 기타특별회계로 구분하였다.
우리나라의 특별회계는 그 내용과 수에 있어서 경제사회 여건과 재정 여건에 따라 큰 변동을 겪었다. 특별회계의 수를 보면, 1948년에 2개였던 것이 1949년에 10개로 늘어나고 1950년대 초반에 6·25사변과 관련된 특별회계가 설치되어 1955년에 특별회계수가 17개에 이르렀으나, 다소 정비되어 1958년에는 12개로 축소되었다. 1960년대와 1970년대에는 고도성장의 추진과정에 특별회계가 적극 활용되었다. 1960년대 후반에서 1970년대 중반까지에는 25개 전후의 특별회계가 설치 운영되었고, 1970년의 경우 특별회계가 29개에 달하였다. 1976년의 24개에서 1977년에 18개로 대폭 정비된 이래 1982년도에 17개로 조정된 후 1990년 18개, 2000년 23개, 2012년 말 기준으로는 18개의 특별회계가 있었다.