가. 협정의 구성과 전문
현행의 한·일 어업협정은 전문, 본문 17조, 부속서와 합의의사록으로 구성되어 있다.
이 협정 전문의 주요 내용은 다음과 같다.
전문에서는 어업자원의 합리적 보존·관리 및 최적 이용의 중요성 인식, 양국 간 어업분야에서의 협력 전통에 대한 상기, 해양법협약에 근거한 새 어업질서의 확립, 어업분야 협력관계의 발전 희망 등에 더하여 어업협정의 체결목적, 체약국이 협정에 임하는 자세 등을 밝히고 있다.
본문은 17개 조항으로 구성되어 있는 바 각 조문의 주요 내용은 다음과 같다.
제1조 적용범위
제2조 - 제6조 EEZ내에서 배타적 관할권 행사와 타국 어선의 입어 및 조업규율에 관한 규칙
제7조 한·일 간의 EEZ 경계
제8조 중간수역에서의 EEZ법 적용 배제
제9조 동해 중간 수역과 제주도 남부 중간수역의 범위
제10조 자원보존 관리 및 이용에 관한 협력의무
제11조 국제법 준수와 협력원칙
제12조 한·일공동어업위원회 및 그 하부기구, 조업조건, 자원관리 규율조치에 관한 사항의 결정과 권고
제13조 분쟁의 해결
제14조 부속서의 일체성
제15조 분리조항(배제조항)
제16조 비준과 발효
제17조 구 한·일어업협정의 종료
부속서와 합의 의사록의 핵심 내용은 다음과 같다.
부속서Ⅰ - 동해중간수역에 대한 자원관리 조치
부속서Ⅱ - 제주도 남부 중간수역에 대한 자원관리조치
합의의사록 - 동중국해에서의 어업질서 확립
신한·일어업협정은 울릉도와 독도가 전혀 다르게 취급되었다. 즉, 독도는 울릉도와 별개로 중간수역에 포함되었으며, 이러한 관계는 협정만으로 보자면 독도가 울릉도의 부속도서로 취급된 것이 아니고 울릉도와 분리된 것이다. 독도는 당시 국제법상 섬으로 인정받지 못하였기 때문에, 유인도만이 EEZ의 기점이 될 수 있는 사정상 양자 간 논란의 여지가 있었다.
이 협정은 크게 두 가지 면에서 문제를 노정하고 있다.
하나는 동해에 그어진 중간수역의 범위이다. 한·일 양국이 각각 해안선에서 200해리 EEZ를 긋게 되면 서로 겹치는 부분이 발생하는데, 이 구역에서 공동 조업할 수 있도록 하고 이 구역을 '중간수역'이라고 하였다. 협상과정에서 한국은 동쪽 한계선을 동경 136°로, 일본은 동경 135°로 고수하다 결국 135.5°로 합의하였고, 중간수역의 해안 쪽 경계선은 한국은 연안으로부터 34해리를, 일본은 35해리를 고수하다 35해리로 합의하였다. 이 과정에서 한국 측이 약간 불리한 협상결과를 도출했다는 비판도 있었다.
다른 하나는 독도의 영유권 문제로, 한·일 양국은 이 문제로 격론을 벌인 끝에 영유권 문제를 명시적으로 언급하지 않았다. 영유권 문제는 차후 해결하기로 하고, 협정문에 독도를 지명으로 표기하지 않는 대신 좌표로만 표기함으로써 일본이 영유권을 제기할 수 있는 실마리를 남겨 놓았다는 비판이 있다. 한국 영토의 일부인 독도를 기선으로 한 EEZ를 확보하지 못하고, 독도가 한국 전관수역에서 배제된 채 중간수역에 포함됨으로써 국가적 손실을 초래하였기에 재협상을 해야 한다는 주장도 끊임없이 제기되고 있다.