정부업무조정등에관한규정은 중앙행정기관 간 정책의 조정에 관한 절차와 조정업무의 운영에 관한 사항을 정하여 원활한 정책조정을 수행하게 함으로써 정부업무 추진의 효율성을 제고함을 목적으로 한다(제1조). 이 규정은 조정신청방법, 조정과제 등록, 조정시한, 조정과정의 기록관리, 조정의 종결, 이행상황 확인, 조정관리주무기관회의 등 조정과 관련한 일련의 과정들을 공식적인 절차와 매뉴얼을 통해 이루어질 수 있도록 하고 있다. 중앙행정기관의 장이 정책을 수립하거나 소관업무를 수행할 때 다른 중앙행정기관의 장과 협의 또는 의견수렴 등이 필요하고, 그 정책이 국민경제와 생활에 미치는 영향이 큰 경우에는 중앙행정기관의 장 상호간 또는 중앙행정기관의 장과 국무조정실장 상호간 협의를 거칠 필요성이 더욱 커진다. 

그러나 정부업무는 여러 부처가 공동으로 관여하고 있어 조정이 어려운 경우가 많고, 이러한 조정의 지연은 정책표류나 정책실패를 양산할 수 있다. 따라서 정책조정의 원칙을 정하고 갈등의 발생을 미연에 방지해야 할 필요가 있다.

(1) 업무조정의 주체
업무협의 과정에서 중앙행정기관 간 이견이 발생한 때에는 주관행정기관의 책임 하에 당사자 간 조정을 하고, 그럼에도 이견이 해소되지 않는 경우에는 정책분야별 조정업무를 담당하는 중앙행정기관, 즉 조정관리주무기관의 장 또는 국무조정실장에게 조정을 신청할 수 있다(제4조). 조정관리주무기관은 경제정책분야에서는 기획재정부장관, 인적자원개발정책분야와 과학기술혁신정책분야는 교육과학기술부장관, 통일․외교․안보정책분야는 통일부장관, 사회․문화정책분야는 보건복지가족부장관으로 정한다(제5조). 국무조정실장은 조정신청을 받거나 중앙행정기관 간 이견의 조정이 필요하다고 인정하는 경우에 조정하고(제6조), 국무총리는 필요하다고 인정하는 경우 조정관리주무기관 또는 국무조정실장으로 하여금 중앙행정기관 간 이견을 조정하게 하거나 직접 조정할 수 있다. 조정과제의 체계적인 관리와 조정업무의 지원을 위하여 국무조정실에 조정관리주무기관회의를 두고, 격주 1회 정기의회를 개최하되 필요하다고 인정하는 경우 의장이 임시회의를 소집할 수 있도록 한다(제14조).

(2) 조정과정
조정신청은 별도 서식에 따라 문서로 이루어져야 하나, 신속한 조정이 필요한 경우 구두로 신청하고 3일 이내에 문서로 조정 신청서를 제출해야 한다(제8조). 조정관리주무기관이나 국무조정실장이 조정신청을 받거나 조정이 필요하다고 인정하여 조정을 하는 경우에는 별도 서식에 따라 중앙행정기관 간 이견을 조정과제로 등록하여야 한다(제9조). 조정과제를 등록한 때에는 조정과제의 성격, 긴급성 등을 고려하여 6월의 범위 안에서 조정시한을 정하여야 하고, 부득이한 사유가 있는 때에는 그 사유를 명시하여 조정시한을 연장할 수 있다(제10조). 주관행정기관과 조정관리주무기관 및 국무조정실장은 조정과정과 진행상황을 별도로 기록․관리해야 하고(제11조), 조정에 의해 합의에 이른 경우에는 조정 종결서를 작성하여 국무총리에게 보고해야 하며 중앙행정기관의 장은 합의한 사항을 이행하기 위해 노력해야 한다(제12조). 국무조정실장은 필요하다고 인정하는 경우 합의사항의 이행상황을 확인할 수 있다(제13조). 국무조정실장은 매년 조정관리주무기관 및 국무조정실장의 조정추진실적 및 현황에 대한 백서를 발간하도록 한다(제16조).