1952년 제1회 의사국가시험 실시 이후 1993년 제56회 시험에 이르기까지 42년 동안 정부가 주도로 의사국가시험이 실시되고 관련 업무를 맡아왔다.

1977년 12월 9일 한국의학교육협회의 주최로 ‘의사국가시험의 문제점과 개선방안’이라는 주제의 의학교육세미나 개최를 통하여 의사국가시험원의 설립 필요성이 제기되었다. 

1987년 11월 28일 의료법 개정에 따라 제9조(국가시험)제2항의 신설로 ‘의사국가시험은 대통령령이 정하는 시험관리능력이 있다고 인정되는 관계전문기관이 시행할 수 있도록 한 위임 근거가 마련되었다.

1992년 4월 20일 보건사회부로부터 재단법인 한국의사국가시험원의 설립 허가를 받았고, 1992년부터는 한국의사국가시험원의 개원으로 정부주도에서 민간평가기관이 주도하는 의사국가시험의 민간시대가 열렸다.

1994년 7월 8일 제58회 의사국가시험부터는 종전 15개 과목의 의사국가시험을 내과, 외과, 산부인과, 소아과, 정신과, 예방의학 및 보건의료 관계법규 등 7개 과목으로 조정되었다.

1992년에 설립된 한국의사국가시험원을 모태로 한 민간평가기관이 1998년에 한국보건의료인국가시험원으로 확대 개편되었고 의사를 포함 20직종의 보건의료인 국가시험에 대한 면허 및 자격시험을 시행하는 민간평가기관으로 발전하여 이 평가기관의 주도하에 의사시험이 시행되고 있다.