국가가 민간의 의약을 관리해야 한다는 민의에 부응하여 고종36년(1899) 5월에 위생국 안에 위생과와 함께 의무과를 별도로 설치하여 민간 의약을 국가에서 관장하는 법적인 틀을 갖추고 병원, 의사와 약제사의 업무와 약품매약의 관리를 국가가 관장하게 되었다.

1900년 1월 내부령 제27호가 반포되어 의약인에 대한 자격이 처음 명문화되었다. 대한제국 정부는 전 의약인을 의사, 약제사 및 약종상 세 종류로 나누고 이 중 제1조에서 7조까지는 의사를, 8조부터 22조까지는 약제사를, 23조와 24조는 약종상을 규정하였다.

의약관련 종사자를 의사, 약제사,약종상 등 셋으로 나눔으로써 치료, 처방 행위인 의술과 처방에 따른 조제, 투약 행위인 약무를 서로 구별하여 이들 의약 행위를 단순한 약상 행위와 구별하였다.

내부는 의약인의 인허를 규정한 「약제사 규칙」을 반포하고 한성지역, 지방, 외국인 등 셋으로 나누어 이들에 대한 자격부여를 위한 작업에 들어갔다. 서울지역에서 1900년 1월 말에 경무청에서는 서울 5서 안에서 영업하는 약포와 약국의 수를 조사하였고 1900년 3월 1일부터 20일간 의사와 약제사를 대상으로 내부의 인허 시험이 시행되었다. 이들은 정해진 날짜에 내부에 와서 시재하였는데 이 기간 안에 시험을 보지 않은 자는 규칙에 따라 3원의 벌금이 부과되었다.

지방의 경우 1900년 2월 10일 무렵 내부에서는 13도에 훈칙하여 각 군의 의사와 약제사를 해당 부에서 초치 시재하도록 하고, 대상자의 성명·거주·연령 등과 그 경과 및 자격을 부여한 의사·약제사의 수 등을 보고하도록 하였다.외국인의 경우도 규칙이 정한대로 내부의 허가를 받도록 하였다.

의약관련 종사자를 의사, 약제사, 약종상 등 셋으로 나눈 것은 진료, 처방 행위인 의술과 처방에 따른 조제, 투약 행위인 약무를 서로 구별하여 이들 의약 행위를 단순한 약상 행위와 구별하고자 함이었다.

「약제사 규칙」15개조는 약제사의 정의, 약제사의 자격 취득, 약국 개설 관련 사항, 의사의 처방과 관련된 여러 가지 업무, 외국약 취급 사항, 극독약의 관리, 환자에 내주는 약제의 용기와 포장에 적어야 할 사항, 허가 없는 비방의 제조, 판매의 금지 등을 규정하였다.

“약제사는 약국을 개설하고 의방을 거하여 약재에 진안(眞贋)을 분별하고 조제에 숙련한 자”로 정의하였으며, 졸업 시험, 인허장 급여, 수수료, 명부 등록, 인허장 재발급, 내외국인 적용 등은 모두 의사 규칙에 따르도록 했다. 이 말은 곧 약제사의 졸업 시험이 규정되어 있음에도 불구하고, 약제사 역시 임시로 위생국 시험에 따라 인허를 발급받게 되었음을 뜻한다. 또한 의사의 처방에 의거하는 약제사는 만일 의사가 한의라면 한약제사와 같은 의미를 가진다. 즉 현실적인 측면에서 의원과 주부(主簿)의 관계를 법제화했음을 뜻한다.

약제사 개업과 관련된 내용을 보면, 약제사가 죽거나 업을 그만 두거나 새로 약국을 만들거나 임시로 약국을 폐쇄할 경우 등 약국 개업의 변동이 있을 경우에는 해당 지방 관청에 통보해야 하며, 약제사 1인이 2곳의 약국을 동시의 개업을 할 수 없으며, 단 다른 약제사를 둔 지국의 경우에는 가능했다.

약제사의 조제업무의 경우, 약국은 동일한 도량형의 저울을 써야 했으며, 반드시 의사의 처방에 의거하여 약을 조제하고, 약제의 부족, 극·독약의 시용 등과 관련된 일체의 사항 또한 의사의 확인이 있은 후 약을 교부해야 했고, 우리나라의 약방에 기재되지 않은 약품의 경우는 반드시 외국약 방명을 기록해야 하며, 적합하지 않은 우리나라 약방에 위탁 판매할 수 없었다. 또한 극·독약은 독, 극을 표시해서 따로 특별히 보관 저장하고, 환자에게 주는 약제의 용기와 포장에는 방문에 따라 내외용법과 용량, 연월일, 환자 성명, 약국 지명, 약제사의 성명을 표시하고, 환약, 산약, 고약 등의 성분을 위생국에 통고하지 않고 비방으로 만들어 팔 수 없도록 되어 있었다.

「내부령 제27호」의 25조에서 27조까지는 각 조항을 어겼을 경우 부과할 벌칙을 규정하였다. 즉 정부의 허가 없이 의사, 약제사의 업을 한 사람은 10원-100원의 벌금을, 약제사가 약국 개설 관련 조항과 의사 처방 조항을 어겼을 경우에는 2원-10원의 벌금을, 약제사가 극독약 보존 규정을 어겼을 경우에는 1∼5원의 벌금을 물리도록 했다.

「약품순시규칙」을 두어 내부대신이 위생관리, 경찰관리, 약제사들을 감시원으로 임명하여 약국과 약품 판매, 제조하는 장소를 순찰케 하는 내용을 규정하였다.