48개 중앙행정기관을 평가대상으로 자체평가와 특정평가로 구분하여 실시한다. 중앙행정기관은 주요정책과제, 재정성과, 인사, 조직, 정보화 부문에 대하여 자체평가를 실시하며 자체평가결과는 정부업무평가위원회에서 확인, 점검기능을 수행한다. 국무총리는 관리대상업무, 고객만족도, 특정시책에 대하여 특정평가를 실시하게 된다.

주요정책과제 부문은 부처가 수행하는 주요 정책에 대하여 이행과제 수준에서 평가한다. 평가지표는 계획, 집행, 산출결과 및 결과활용 등 정책단계별로 구성되어 있다. 재정성과 부문은 재정사업의 두가지 분야를 평가하는데, 하나는 일반재정사업과 R&D사업 성과에 대한 평가이며 다른 하나는 재원배분 합리성, 재정집행 효율성 등을 평가하는 재정운용 평가이다.

일반재정사업은 2007년 성과관리시행계획상 재정성과 부문의 관리과제를 대상으로 하며 2005년, 2006년 기 평가사업은 성과지표, 성과달성도 등에 변경이 있을 경우에 평가를 실시한다. R&D사업의 경우, 2007년 성과관리시행계획상 R&D부문의 관리과제를 대상으로 하며국가연구개발사업 표준사업분류(28개분야)와 표준 평가지표 등을 활용하여 계획, 집행, 결과단계의 평가지표를 설정하여 평가한다. 또한 재정운용에 있어서는 Top-down 예산편성제도 시행 등에 따라 개별사업의 성과 뿐만 아니라 자율적인 세출구조조정, 예산절감 등 각 부처의 재정운용 전반에 대한 평가를 실시한다. 중앙행정기관의 인력관리, 인사제도 개선 등 인사관리 평가와 조직관리, 기능인력 재설계 등의 조직관리 평가, 정보화사업과 정보화 수준 등의 정보화 평가가 있다.

자체평가의 과정은 자체평가계획 수립 및 실시, 확인점검 및 재평가 단계로 이루어진다. 각 부처는 민간전문가 중심의 자체평가위원회를 구성해야 한다. 자체평가위원회는 자체평가 계획을 심의해야 하며, 반기별로 추진실적을 점검하고, 연말에 자체평가를 실시하여 평가보고서를 작성해야 한다. 자체평가위원회는 분기별 1회 이상 개최하고 평가관련 회의는 회의결과 등을 작성, 관리하여야 하며 그 내용은 위원에게 통보하거나 공개한다. 각 부처는 당해년도 성과관리시행계획상 관리과제의 추진실적 및 목표달성도 등에 대해 반기별로 이행상황을 점검하고 당해년도 연말 기준의 업무추진실적 등에 대하여 전자통합평가시스템을 활용하여 자체평가를 실시한다. 이와함께 각 부처의 자체평가결과에 대해 정부업무평가위원회에서 전자통합평가시스템을 통해 확인점검을 실시한다. 정부업무평가위원회는 자체평가결과의 확인점검에 관한 사항을 최종 심의·의결한다. 재평가는 자체평가결과에 대한 확인점검 후 자체평가의 객관성 및 신뢰성에 문제가 있어 정부업무평가위원회가 다시 평가할 필요가 있다고 판단하는 때에는 정부업무평가위원회의 심의 및 의결을 거쳐 실시된다. 

특정평가는 혁신관리, 정책홍보관리, 정보공개 등의 관리대상업무에 대한 평가, 고객만족도조사, 특정시책 평가로 구성된다. 특정평가는 각 부처가 특정평가 근거자료 등을 평가 추진일정에 따라 전자통합평가시스템에 등록하거나 국무조정실에 제출하면서 시작된다. 관리대상업무는 국무총리가 평가부문별 협조기관, 관계전문가 등의 협조 및 지원을 통해 평가 추진되며 정부업무평가위원회는 평가부문별 평가결과를 최종 심의·의결한다. 특정시책은 정부업무평가위원, 실무위원, 관련 전문가 등이 참여하여 평가하고 고객만족도는 민간 전문조사기관에 의뢰하여 설문조사를 실시한다.