1999년 신 한ㆍ일 어업협정발효 등 어려워진 어업여건에 따라 어업인의 지원을 위해 제정된 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」제18조에서 “해양수산부장관은 국제 어업질서에 능동적으로 대처하고. 수산업의 지속가능하고 경쟁력 있는 육성ㆍ발전을 위하여 5년마다 수산진흥종합대책을 수립하여야 한다”고 규정하였다. 이 규정에 따라 해양수산부는 제1차 수산진흥종합대책(2000~2004), 제2차 수산진흥종합대책(2005~2009)을 수립ㆍ추진하였다.
- 제1차 수산진흥종합대책(2000~2004): 어선감축, EEZ 어업관리, 총허용어획량(TAC)및 자율관리어업, 기르는 어업 육성 등에 중점
- 제2차 수산진흥종합대책(2005~2009): WTO/FTA 국내대책, 수산자원 회복, 경쟁력 있는 수산업 실현, 친환경어업 추진 등에 중점
제2차 수산진흥종합대책(2005~2009)이 2009년에 만료됨에 따라 농림수산식품부(2008년 정부조직 개편으로 해양수산부 폐지)는 2010년에 제3차 수산진흥종합대책(2010~2014)을 수립하였다.