「방위사업법」은 8개의 장과 64개의 조로 구성되어 있다. 각 장의 세부적인 명칭은 제1장 총칙, 제2장 방위사업수행의 투명화 및 전문화, 제3장 방위력개선사업, 제4장 조달 및 품질관리, 제5장 국방과학기술의 진흥, 제6장 방위산업육성, 제7장 보칙, 제8장 벌칙 등이다. 방위사업의 투명성 및 전문성 확보(제5조 내지 제7조)를 위하여 방위사업에 대한 주요정책의 결정 또는 집행과 관련하여 이에 참여한 자의 소속・성명 및 의견과 각종 회의 등의 토의내용 및 결정내용을 기록・보존하도록 하는 방위사업 정책실명제를 실시하고, 방위사업청 공무원, 국방과학연구소・국방기술품질원 및 방위산업체의 관계 임・직원 등은 금품이나 향응의 요구 및 수수 등을 금지하는 내용의 청렴서약을 하도록 하며, 방위사업을 감시하고 시정요구 등을 할 수 있는 옴부즈맨을 운영하는 한편, 방위사업 추진에 있어 전문성이 필요한 중요한 직위에는 해당 분야에 대한 전문적인 경험과 능력을 갖춘 자를 임명하도록 하였다. 방위사업 수행 과정에서 투명성 및 전문성을 확보하기 위한 제도적인 장치를 마련함으로써 국민으로부터 신뢰를 받고, 효율적인 방위사업이 이루어질 수 있도록 하였다.
종전의 방위사업 관련 조직은 국방부 및 국방부조달본부 등에 분산되어 운영됨으로써 의사결정이 지연되고 효율성이 떨어졌기 때문에 운용 등을 심의・조정하기 위한 방위사업추진위원회를 설치하였다. 방위사업추진위원회는 방위사업청장을 위원장으로 하고, 관계 부처의 공무원과 민간전문가 등을 위원으로 하여 구성하였다. 이를 통하여 방위사업과 관련된 각종 위원회를 하나로 통합하고 민간전문가를 참여시킴으로써 의사결정의 효율성・투명성 및 전문성이 높아질 것으로 기대되었다.
종전에는 방위력개선사업을 수행하는 경우에 단위사업의 계획단계에서부터 예산편성, 협상・계약, 품질보증 등의 여러 업무과정을 각각 다른 부서에서 수행함으로써 효율성이 떨어지는 문제가 있었다. 이에 따라 방위력개선사업의 시작단계부터 종료 시까지의 각 과정별 또는 기능별 전문인력을 통합구성하여 사업의 모든 과정을 총괄적으로 관리하고 수행하는 통합사업관리제를 실시하도록 하였다. 이로써 분산되고 중복적으로 수행되던 방위력개선사업을 단위 사업별로 통합하여 수행함으로써 사업의 효율성과 책임성이 높아질 것으로 기대되었다.
지금까지 무기체계에 대한 소요가 결정된 경우에 심층적인 조사・분석이 부족한 상태에서 당해 무기체계의 연구개발 또는 구매에 관한 사업추진방법을 결정함으로써 국내에서 보유하거나 개발할 수 있는 기술・부품을 국외에서 도입하는 등 시행착오가 있어 왔고, 당해 무기체계의 사용여부를 판단하는 중요한 의사결정단계인 시험평가가 법적인 근거없이 수행되어 왔다. 이에 따라 방위사업청장은 당해 무기체계에 대한 연구개발의 가능성, 국방과학기술수준, 기술적・경제적 타당성 등에 대한 조사・분석을 거친 후에 방위력개선사업의 추진방법을 결정하도록 하며, 무기체계에 대한 시험평가의 기준・방법・시기 등의 시험평가계획을 수립하고 이에 따라 시험평가를 실시하도록 하였다. 이렇게 함으로써 방위력개선사업을 추진함에 있어 사전에 충분한 조사・분석을 거침으로써 시행착오를 최소화하고, 시험평가에 대한 법적근거를 마련함으로써 효과적인 방위력개선사업이 추진될 것으로 기대되었다.
방위력개선사업에 대한 계획・예산편성 및 집행과정에 있어서 분석・평가가 제대로 이루어지지 아니하여 동일한 문제점이 반복적으로 발생되는 경우가 있었다. 이에 따라 방위사업청장은 방위력개선사업에 대한 분석・평가체계를 확립하여 분석・평가를 실시하되, 당해 사업의 예산이 집행되기 전에 계획수립, 예산이 집행되는 과정에서의 중간성과 및 예산집행이 완료된 후의 집행성과 등에 관한 분석・평가를 구분하여 실시하고, 그 결과를 활용하도록 하였다. 이로써 방위력개선사업을 수행하는 과정에서 합리적이고 효율적인 의사결정과 재원의 배분이 이루어질 것으로 기대하였다.
군수품을 획득할 때 반드시 필요한 품질보증업무가 체계적이지 못하고 법적인 근거없이 수행되어 왔었다. 이를 개선하기 위하여 방위사업청장은 획득하고자 하는 군수품이 당초 사용자의 요구조건에 부합하는지 여부를 확인하기 위하여 군수품의 품질을 검사하고 그에 따른 미비점에 대한 수정・보완방안이 포함된 품질보증계획을 수립하여 시행하도록 하였다. 이에 대한 업무를 효율적으로 수행하기 위하여 국방기술품질원을 설립하도록 하였다. 품질보증업무에 대한 법적근거를 마련함으로써 군수품에 대한 품질보증이 체계적으로 수행되고 대외적인 신뢰성이 확보될 수 있을 것으로 기대되었다.
자주국방의 능력을 확보하기 위하여 이에 필요한 국방과학기술의 개발 등을 법적으로 뒷받침할 필요가 있었다. 방위사업청장은 국방과학기술의 발전목표 및 기본정책과 이에 대한 추진방안 등 국방과학기술 발전에 관한 중・장기정책을 수립하여 추진하도록 하고, 국방과학기술 및 무기체계에 관한 정보를 체계적으로 확보・유통・관리하도록 하였다. 이로써 국방과학기술 개발을 효과적으로 추진하고, 국방과학기술의 선진화가 이루어 질 것으로 기대되고 있다.
방위산업을 합리적으로 육성하기 위하여 시행되어 온 방위산업체의 전문화・계열화 제도가 방위산업의 공정경쟁 및 기술혁신에는 도움을 주지 못하고 있어 이를 폐지하기로 함에 따라 대기업자가 무분별하게 중소기업자를 인수・합병하거나 방위산업체 간의 중복투자 등이 발생할 수 있다. 이를 방지하기 위하여 방위사업청장은 대기업자가 중소기업자를 인수・합병하거나 방위산업체 간에 중복투자를 함으로써 방위산업의 효율성을 현저히 해할 우려가 있는 경우에는 산업자원부장관과 협의하여 대기업자에 대하여 사업의 인수 또는 확장의 시기를 연기하게 하거나 방위산업체에 대하여 투자의 시기 또는 규모를 조정하게 하는 등의 사업조정을 할 수 있도록 하였다. 향후 방위산업 관련 중소기업자의 안정적인 경영활동을 보장하고, 방위산업의 건전한 경쟁질서를 유지할 수 있을 것으로 기대되었다.