원산지 인증 수출자로 지정될 경우 한·아세안 FTA 등은 기관 발급 시 발급 절차 간소화 혜택을 부여하고 있다. 한·EU FTA는 건당 6,000유로 초과 수출자의 경우 원산지 인증 수출자로 인증을 받아야 원산지 증명이 가능하다.
원산지인증수출자로 지정받기 위해서는 구비서류(인증신청서, 주요 수출 품목의 원산지 소명서, 원산지확인서, 원산지소명서 기재 내용 입증서류 등)를 FTA인증수출자심사센터, 본부세관에 제출 하면 서면심사를 통해 인증서를 발급하여 주면 인증서를 교부 후 변경사항이 있을시 7일 이내 변경하면 된다. 인증기간은 5년으로 인증 만료일 30일 이전 연장 신청이 가능하다.
많은 품목을 여러 협정국가에 수출하거나, EU로의 수출의 경우 업체별 인증을 받는 것이 유리하고, 적은 품목을 특정 국가(아세안지역, 인도)로 수출하고 EU지역 수출이 적은 경우에는 인증절차가 간단한 품목별 인증을 받는 것이 유리하다.
인증수출자 인증 시 유의사항으로는 인증을 받더라도 원산지 판정은 업체 책임 하에 이루어 져야 한다는 점이다. 인증수출자 지정은 자율적 원산지 판단 권한을 준 것이지 해당 업체 수출물품에 대해 한국산으로 공인한 것은 아니기 때문이다. 인증 후 작정하는 모든 원산지 증빙서류에 대한 책임은 업체에 있다.