우리나라의 이전가격과세제도는 경제의 발전에 따라 다국적 기업이 증가하고 글로벌 경영이 가속화되면서 우리기업의 해외 진출(Out-Bound), 외국기업의 우리나라 진출(In-Bound) 등의 경제적 변화 상황에 따라 우리기업 등의 다국적기업이 국외특수관계기업과의 국제거래를 하는 경우 가격을 조작하여 우리나라에서의 조세를 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위하여 도입되었다. 1988년 12월 31일 이전에는 이전가격과세제도와 이를 시행할 법률이 존재하지 않았다. 이 시기에는 「법인세법」(2015년 10월 25일 시행, 법률 제13448호, 2015년 7월 24일 타법개정) 상 부당행위계산부인 규정에 의해 특수관계인을 국내와 국외 구분 없이 국외 특수 관계인에 대해서도 국내특수관계인과 동일하게 적용하면서 외국계법인에 대해서 적용하고 순수 내국법인 등에 대해서는 적용하지 않았다.
그러나 이러한 법적 제도를 이용해 조세부담을 부당히 감소시키는 사례가 증가하자 1988년 12월 31일 「법인세법 시행령」 제 46조(2015년 10월 25일 시행, 대통령령 제26600호, 2015년 10월 23일 타법개정) 및 「소득세법」 제55조(2015년 7월 1일 시행, 법률 제12989호, 2015년 1월 6일 타법개정)의 개정으로 1989년 1월 1일 이후 부당행위계산부인 규정에 의한 이전가격과세제도를 적용하였다.
1995년 OECD 재정위원회에서 「다국적기업과 조세행정을 위한 이전가격지침(Transfe Pricing Guidelines for Multinational Enterprises and Tax Administrations)」을 발표하자 우리나라 법률의 미비로 운용의 혼선이 초래되어 1995년 12월 6일 「국제조세조정에 관한 법률」을 제정하면서 이전가격과세 제도를 정착시켰다. 결론적으로 우리나라는 1996년 1월 1일 이후 거래분부터 본격적인 이전가격과세시스템을 가동하게 되었다.