통계교육원은 통계교육원장 산하에 교육기획과와 교육운영과가 편제되어 있다. 교육기획과는 교육원의 중장기 계획과 연간 교육운영계획을 수립하고 행정 운영 전반을 담당한다. 또한 통계연구학교를 운영하고 국제통계교육을 활성화하며 협력사업을 추진한다. 교육운영과는 교육과정 설계와 교육운영에 대한 전반적인 업무를 수행하며 교재개발과 콘텐츠개발을 수행한다.
통계교육원의 정규 교육과정은 초급과정, 중급과정, 고급과정, 전문가양성과정으로 구성된다. 강의 형태는 집합교육, e-러닝교육, u-러닝교육으로 분류되어 있다. 초급과정은 주로 국가통계의 이해와 통계패키지의 활용법에 대한 강의로 구성되어 있으며 중급과정은 통계 생산의 과정 및 분야별 교육과 전문분야에 대한 기초지식 강의로 이루어진다. 고급과정은 고급통계방법에 대한 강의와 통계패키지에 대한 고급 활용법에 초점을 맞추어 강의가 구성되어 있다.
통계교육원의 특별 교육과정은 통계작성기관의 요구에 맞게 구성되는 맞춤형교육과정, 외국인을 위한 국제교육과정, 학생들을 대상으로 실시하는 통계아카데미가 있으며 전문적인 주제에 대하여 부정기적으로 개최되는 통계세미나를 제공한다.