교통세는 1994년 도입 당시에는 종가세로 부과되었으나 1996년부터 종량세로 전환하였으며, 탄력세율 형태로 부과되었다. 교통세가 교통·에너지·환경세로 전환된 이후에는 기본세율과 탄력세율을 함께 적용하였다. 구체적으로 휘발유는 리터당 630원의 기본세율과 505원의 탄력세율을, 경유의 경우는 404원의 기본세율과 358원의 탄력세율을 적용하고 있고, 그리고 주행세로 교통·에너지·환경세의 26.5%가 부과되었다.
교통·에너지·환경세는 세입의 85.8%가 교통시설특별회계로 편입되고,14.2%는 지방양여금의 재원으로 사용되었으나,2005년부터 지방양여금제도가 폐지되어 2007년 80.0%가 교통시설특별회계로, 15.0%가 환경개선특별회계로, 3.0% 가 에너지 및 자원산업특별회계로 편입되었다.
교통세는 1994년 3조 2,244억원에서 2000년에는 9조 8,279억원으로 증가하였고, 2006년에는 교통·에너지·환경세의 세수는 10조 5,349억원, 2006년에 9조 5,938억원으로 10조원 가까이 되어 전체 국세의 7-11%를 차지하여 이 세목이 국세의 주요세목이 되었다. 교통·에너지·환경세의 세입은 85.8%가 교통시설특별 회계로 편입되고,14.2%는 지방양여금의 재원으로 사용되었으나, 지방양여금제도가 폐지된 2005년부터는 80.0%가 교통시설특별회계로, 15.0%가 환경개선특별회계로, 3.0%가 에너지 및 자원산업특별회계로 편입되었다.
교통시설특별회계의 부문별 투자 현황을 보면, 도로 이외의 계정(2006년의 경우 약 48.5%)에도 사용되었기 때문에 세입·세출의 연계성이 높다고 보기 어렵다. 교통·에너지·환경세처럼 수입의 일부를 다른 용도에 할당함으로써 일반회계로부터의 전입을 유도함으로써 사실상 예산당국이 교통시설특별회계의 한계지출을 결정하였다. 이와 같이 교통·에너지·환경세가 세입·세출의 연계성이 강하고 한계지출을 납세자가 결정하는 실질적인 목적세가 될 수 있었음에도 불구하고 정책적인 선택에 의해 세입·세출의 연계가 약해지면서 한계지출을 정부가 결정하는 명목적인 목적세로서 존속하였다.