농어촌특별세는 국세 중 관세,소득세,법인세,특별소비세,증권거래세,종합부동산세 감면액과 지방세 중 취득세와 등록세의 감면액 및 레저세 등에 부과되었다. 소득세와 법인세,관세,취득세,등록세 등의 감면액에 대하여 20%의 세율을,세금우대저축의 감면액에 10%, 특별소비세액의 10%(골프장입장의 경우 30%), 증권거래금액에 0.15%, 취득세액의 10%, 레저세액의 20%, 종합부동산세액의 20%를 부가하였다. 농어촌특별세의 세입은 농어촌구조개선 특별회계로 전입되고 있어,균형발전특별회계와 더불어 특별회계로 전입되었다.
농어촌특별세 세수는 전액 농어촌구조개선 특별회계로 전입되었다. 회계상으로 보면, 농어촌특별세의 경우 세입·세출의 연계성이 강해 보이나, 실제로는 지출용도가 광범위하여 실질적인 연계성은 약하엿다. 농어촌구조개선 특별회계로 들어온 농어촌특별세 수입의 약 24%는 지방재정관련 예산(300분의 23은 국가균형발전특별회계 지역개발사업계정으로 전출되고,300분의 23은 하수도정비사업으로 사용)으로 전용되었다. 지방재정관련 예산으로 전용된 자금이 농촌지역의 개발에 이용되었지만, 전반적인 지출항목들이 매우 추상적이어서 사실상 다른 지방재정관련 예산과 구별하기가 어려웠다.
농어촌구조개선특별회계의 경우 농어촌특별세 수입 외에도 매우 다양한 재원이 존재하기 때문에 농어촌구조개선특별회계의 지출규모는 농어촌특별세의 수입과는 무관하게 결정되었다. 농어촌특별세의 도입 목적이 ‘농어촌 경쟁력 향상’이라는 모호한 목표 때문에 농림부가 사용하는 예산은 절반도 되지 않고,보건복지부,건설교통부,교육인적자원부 등 9개 부처가 예산을 나누어 섰다. 보건복지부는 국민연금관리공단 운영비,해양수산부는 국고로 지원하는 여객선 건조비, 행정자치부는 생활용수 개발비, 건설교통부는 오지 및 낙도 교통지원비, 교육인적자원부는 실업계 고교과정 개편 연구비 등 농어촌개발과 관련되어 있다고 보기 어렵다고 볼 수 있는 용도로도 사용하였다.