1958년에 신설된 교육세는 개인의 소득(전답에서 발생한 소득은 제외)과 법인의 유보소득에 대해 부과하였는데, 1960년에는 이 교육세 수입이 국세수입의 8.5%에 이를 정도로 중요한 세입원이 되었으나 1961년 군사정부가 등장한 이후 폐지되었다.
교육재정의 상당부분을 구성하고 있는 교육세와 지방교육세의 경우 금융·보험업자의 수익금액에 대한 과세를 제외하고는 독자적인 고유의 과세기초를 갖고 있지 않아 여타의 기존세목에 부가되어 부과되었다. 교육세는 특별소비세액, 교통·에너지, 환경세액 및 주세, 그리고 금융·보험업자의 수익금액에 부가세 방식으로 부과되었다. 교육세는 특별소비세,교통·에너지·환경세,주세 및 금융·보험업자의 수익금에 부가되어 징수되었다. 구체적으로 금융보험업자의 수익금액에 0.5%를, 특별소비세액에 30%(등유,중유,수송용부탄의 경우 15%)를 부가하고,휘발유, 경유 등 교통세액에 15%를, 주세액에 10%(주세율 70%이상인 주류의 경우 30%)를 부가하였다.
교육세의 세수는 1980년대 비하여 1990년대의 비중이 크게 늘어나 전체 국세에서 7%내외를 차지하였으나,2001년부터 지방세에 부가되었던 교육세가 지방교육세로 전환됨에 따라 2000년 5조 7,983억원에서 2006년 3조 4,245억원으로 전체 국세규모의 2-6%를 차지하였다. 그러나 지방교육세의 세수도 지방자치단체의 일반세입이 되는 것이 아니라 지방자치단체 교육비특별회계로 전입되기 때문에 교육세 전체로 국세로 징수하였던 2000년 이전의 경우와 규모면에서는 실질적으로 비슷하였다.
교육재정은 교육인적자원부의 예산과 시·도 교육비특별회계예산(지방교육재정), 그리고 타 부처의 교육예산 등으로 이루어져 있었다. 교육인적 자원부의 예산은 국고와 지방교육재정교부금, 사학기금 등으로 이루어져 있고, 지방교육재정을 제외한 나머지 금액은 고등교육의 경챙력 강화, 국가차원의 인적자원 개발 등에 사용되었다.
지방교육재정은 중앙정부가 지원하는 교부금과 지방정부가 지원하는 전입금을 통해 시·도 교육청이 교육비특별회계를 운영하는 방식을 취하고 있었다. 국가지원금은 내국세의 19.4%와 교육세 전액으로 이루어진 지방교육재정 교부금과 국고보조금으로 이루어졌다. 지방자치단체의 일반회계지원은 지방교육세, 담배소비세 전입금, 시·도세 전입금, 기타 공공도서관운영비로 이루어졌다. 이밖에도 학생의 수업료 재산수입 등이 지방교육재정에 포함되었다. 그리고 지방교육재정은 초 중등교육 의무교육지원 등의 사업에 사용되었다.
교육세의 세입은 교육관련사업에 지출되었으나, 2005년부터 일반회계로 편입되어서 보통교부금의 형태로 지방자치단체교육비특별회계로 전입되고 있기 때문에 교육세가 형식적으로 목적세의 모습에서 벗어난 상태이나 그 용도가 지정되어 있어서 사실상 목적세로 존속하였다.