1998년 정부가 정부개혁실을 설치한 후 공기업 민영화 및 경영혁신방안의 검토대상 기관으로 설정한 공기업은 금융기관과 언론기관을 제외하고 모두 108개였는데,이들 중 모기업은 26개,모기업의 출자 회사는 82개였다. ‘1차 공기업 민영화계획’이 모기업을 대상으로 하였지만 ‘2차 공기업 민영화 및 경영 혁신계획’은 주로 자회사를 대상으로 하였다. 설립목적에 부합하지 않는 자회사 및 경영 상태가 부실한 자회사는 매각 또는 청산하고,유사기능을 수행하는 자회사는 통폐합하거나 모기업에 흡수시켰다.완전 민영화 33개,단계적 민영화 28개,공기업 유지 15개 그리고 통폐합 6개 기업으로 결정되었다.민영화의 결과 공기업의 수와 규모가 크게 줄어들었다. 2002년 말 공기업 수는 모기업 19개,자회사 16개로 1998년의 모기업 24개,자회사 74개에 비해 각각 5개,58개 줄어들었다.고용인원 역시 21만 2천명에서 8만 1천명으로 크게 감축되었다.
정부가 1992년 「정부투자기관관리기본법」을 제정하여 정부 투자기관의 자율성과 책임성을 강화하기 위해 다음과 같은 제도를 도입하였다. 첫째, 정부의 당연직 이사제도를 폐지하여 투자기관의 자율성을 제고하였다.또한 비상임이사체제를 재설계하여 상임이사와 비상임이사(과반수)가 공동으로 이사회를 구성하는 병존체제를 도입하였다. 둘째, 감사의 독립성을 강화하기 위해,감사는 주무부 장관의 제청, 정부투자기관 운영위원회의 의결,기획예산위원회 위원장의 제청을 거쳐 대통령이 임명하도록 하였다.셋째,사장 선임의 투명성과 공정성을 제고하기 위하여 비상임이사와 이사회가 추천한 민간위원으로 구성되는 사장추천위원회를 도입하였다. 넷째, 책임경영제도를 확립하기 위하여 사장과의 계약제를 도입하고, 임원의 손해배상책임을 강화하였다.
정부는 정부산하기관들에 대해서 경영혁신방안도 제시하였다. 경영혁신의 기본방향은 각 기관의 업무를 핵심 업무 위주로 전문화하고 자율과 책임경영을 통해 민간 수준의 경영효율성을 확보함으로써 국민의 부담을 줄이고 공공서비스의 질을 향상시키는 것으로 하였다. 이를 위해 산하기관들의 폐지·통폐합,민영화·민간위탁,제도개선,준조세 정비,조직 ·인력감축 등이 추진되었다.이러한 개혁의 결과 공공부문 전체의 규모가 크게 감소하였다. 공기업의 경우 매각된 공기업을 제외하고서도 4만 2천명의 인력감축이 있었고 공공부문 전체로는 14만 1천명의 인력감축이 있었다.
정부는 2004년에 「정부산하기관관리기본법」을 제정하여 산하기관 관리 체계를 재정비하였다. 이 법은 산하기관 경영평가,기관장 공개모집,경영공시,고객만족 도 조사 등을 규정함으로써 산하기관 관리의 기틀을 최초로 마련하였다. 그러나 관련 부처의 반발 등으로 인해 예외규정이 많아져 관리체계가 허술하게 되었다는 평가가 있다.