외환위기 이후 김대중 정부는 경제회복과 구조개혁에 매진하는 경제정책의 효과적인 수행을 뒷받침하기 위하여 적극적으로 조세정책을 운용하였다. 1997년 말 외환위기 이후 구조조정촉진(인수·합병, 분할, 청산 관련 조세감면), 서민중산층 지원 각종 소득공제 인상, 경기활성화(양도소득세 감면, 근로소득세율 인하, 중소기업지원 세제) 등의 세제개편이 이루어졌다. 또한 형평성 제고를 위해 봉급생활자 세부담 경감, 금융소득종합과세 재실시, 부가가치세 과세특례자 폐지, 상속·증여세 강화 등이 추진되었다. 그리고 세제의 효율성 증대를 위해 조세지출 예산제도와 조세감면 일몰제도를 도입하여 조세감면을 지속적으로 정비하였다.
노무현 정부는 조세정책에서 상속 · 증여세 완전포괄주의 및 종합부동산세의 도입을 통해 형평성을 증대하기 위해 많은 노력을 기울였다. 또한 장기임시투자세액공제 확대, 법인세율 인하, 소득세율 인하, 법인세 최저한세율 인하, 특별소비세 폐지 빛 세율인하 등을 통해 경기를 부양하고 조세의 효율성을 증대하기 위해 조세감면 축소도 추진하였다.
외환위기 이후 국세 징수실적은 꾸준히 증가하여,1997년에 비해 2007년에는 2.4배가 되었다. 국세 징수실적 증가율은 외환위기 당시 0%로 떨어졌으나 이후 경기가 빠르게 회복되면서 2000넌 23%로 크게 상승하였고, 그 후 3-11% 사이를 유지하였다. 국세 징수실적은 2000년 93조원이었으나 2010년에는 178조원으로 10년 동안 2배 정도 증가하였다.
2000년대 세제개편의 주요내용을 보면, 구조조정 지원을 위한 세제개편, 중산·서민층의 세금부담 경감을 위한 조세지원, 세원투명성 제고를 위한 세제개혁, 부동산세제 개편, 상속 · 증여세 개편, 성장잠재력 강화를 위한 세금감면과 세율인하, 기업과세 개편, 조세감면 축소 등이다.
첫째, 기업구조조정을 위한 세제개편은 2006년까지 구조조정 과정에 발생하는 세제상의 장애요인을 해소하고, 기업구조조정을 지원하고 벤처기업을 육성하고, 중소기업의 사업전환 등을 지원하기 위해 공제한도를 늘리거나 세금을 감면하거나 세율을 인하하였다.
둘째, 봉급생활자, 자영사업자, 소기업가, 농어민의 조세부담을 경감시키기 위해 각종 공제대상을 확대하거 공제한도 증액하고 과세표준을 구간을 조정하였다.
셋째, 세원의 투명성을 확대하기 위해 거래자료의 양성화를 도모하면서 신용카드, 직불카드 사용 소득공제제도를 확대하고 소득제출자료의 범위를 확대하고 부기사용 유인도 확대하였다.
넷째, 부동산 세부담의 형평성을 높이기 위해 양도소득세율을 높이고 신고제도를 강화하는 것에서 나아가 2004년 보유세 부담의 불평등을 근본적으로 해결하기 위해 종합부동산세제를 도입하였다.
다섯째, 과세형평을 강화하기 위해 상속 증세세제도 개편하였는데, 1999년 이 세제를 강화하는 조치를 폭넓게 시행한 이후 2003년에 상속세와 증여세의 완전포괄주의를 실시하였다.
여섯째, 연구개발 및 설비투자를 확대하기 위해 임시투자세액공제 대상을 확대하고, 중소기업특별세액감액대상도 확대하고 세액공제 시한을 연장하고 세액공제방식도 변경하였다.
일곱째, 세입기반을 확충하기 위해 1998년에는 담배를 부가가치세 대상으로 전환하고 조세감면규제법을 폐지하고 조세특례제한법을 제정하고 일몰기한을 정하고, 2001년에는 조세감면제도를 대폭 축소하였고, 2002년에는 비과세 감면을 축소하였고, 2003년에는 신용카드 부가가치세 세액공제율을 축소하고, 저축상품 비과세 상품을 축소하는 등 각종 세금감면 대상을 줄어나가는 비과세 감면대상을 지속적으로 축소해갔다.
이러한 조세정책으로 조세부담률이 일시적으로 하락하였으나 2002년부터 다시 상승하기 시작하였다. 당시의 조세정책의 목적인 경제활력 회복, 중산층 서민층 부담 경감, 지역균형발전을 위한 재원 확보, 비과세 감면 축소 등을 통한 세원기반의 확대, 징세 인프라 구축, 세제의 합리화, 간소화 등은 어느 정도 달성하였으나, 인위적인 조세부담의 증가, 고부담·고혜택으로 전환과정에서 조세저항, 소득자료의 음성화, 감면제도의 남용 등의 문제는 여전히 해결되지 못했다.
이명박 정부는 소득세와 법인세율을 인하하는 감세정책과 종합부동산세 부담 완화정책을 적극적으로 추진하였고, 2008년에는 글로벌 금융위기에 따른 세계적 경기침체에 대응하여 자동차에 대한 소비세 인하 등 경기부양을 위한 감세정책을 추진하였다.