국가기관은 헌법에 의하여 설치되고 권한이 부여되며, 국가의 기능을 수행하는 국가조직의 일부라고 이해될 수 있다. 그중에서 헌법기관은 단순히 헌법에 의해 직접 언급되고 있을 뿐만 아니라 그 존재와 지위 및 권한이 헌법에 의해 직접 규정되며, 그 존재와 활동을 통해 국가질서형성의 핵심부분에 참여하는 기관으로 보는 데 비교적 견해가 일치되고 있다. 국가기관의 존립근거는 법치주의의 실현이며, 궁극적으로는 국민에의 봉사라 할 수 있다.
국가기관이자 헌법기관으로서 대한민국의 대통령은 정부의 수반으로서 법령에 따라 모든 중앙행정기관의 장을 지휘·감독한다. 또한 대통령은 국무총리와 중앙행정기관의 장의 명령이나 처분이 위법 또는 부당하다고 인정되면 이를 중지 또는 취소할 수 있다. 대한민국헌법에 규정된 대통령의 권한을 나열하면 다음과 같다.
(1) 헌법개정제안, 개정안 권고, 개정 공포권, (2) 외교, 국방, 통일 기타 국가안위에 관한 국민투표부의원, (3) 공무원임명권(헌법재판소장과 재판관임명권, 대법원장과 대법관임명권, 국무총리, 국무위원, 행정 각 부의 장, 감사원장과 감사위원임명권, 중앙선거관리위원회임명권 등을 포함), (4) 국회임시집회요구원, 출석권, 발언권, (5) 법률안제출권, 공포권, 거부권, (6) 대통령령을 발할 권한, (7) 사면권, (8) 행정권의 수반으로서의 권한, (9) 외국에 대하여 국가를 대표하고 외국을 승인하고, 조약을 체결하고, 외교사절을 신임·접수·파견하는 권한, (10) 선전포고와 강화의 권한, (11) 국군통수권, (12) 정당해산제소권, (13) 예산안, 추가경정예산안제출권, 예비비지출권, 긴급재정·경제처분 및 명령권, (14) 영전수여권, (15) 긴급명령권, (16) 계엄선포권