1980년대까지 중앙아시아 국가들인 몽골, 우즈베키스탄, 카자흐스탄 등은 우리나라와 교류 협력이 거의 없는 실정이었다. 하지만 우리나라가 1990년에 몽골과, 1992년에는 우즈베키스탄 및 카자흐스탄과 수교를 하게 되면서 과학기술 분야의 협력 사업도 본격적으로 추진되기 시작하였다. 그 동안 중앙아시아 국가와의 정부간 과학기술협력은 주로 몽골을 중심으로 이루어져 왔다. 우리나라는 세계 10대 자원보유국인 몽골과 수교한 이래 몽골의 풍부한 보유자원과 우리나라의 기초연구 및 응용·개발 기술을 접목할 수 있는 협력 사업을 추진하여 양국 간의 우호와 공동 발전을 모색하게 되었다.
개발도상국과의 과학기술협력은 주로 우리의 경제개발 경험을 개발도상국과 공유하는 전략적 기술협력을 통해 추진되었다. 즉 개발도상국의 지속가능한 발전에 기여하면서 우리나라의 과학기술역량의 제고와 경제 발전을 도모하기 위해 정부간 또는 한국국제협력단(KOIKA)을 통해 지속적으로 추진되어 왔다. 중앙아시아 지역의 몽골과는 2001년도 한국과학기술연구원(KIST)과 몽골국립과학원에 설립한 한·몽골 과학기술협력센터사업이 내실 있게 추진되어 양국 간 협력 증진에 기여하였다.
2006년에는 과학기술부가 최근 선진국 수준으로 향상된 우리의 과학기술력을 활용하여 개발도상국의 과학기술 발전에 기여함으로써 과학기술 인적 네트워크의 확대 및 과학기술 외교력을 향상시키고, 국내 이공계 인력의 국제화 능력 배양 및 다양한 진로 개척에 도움을 주고자 ‘개도국 과학기술 지원단’ (Techno Peace Corps)를 발족하였다. 이 사업은 베트남, 라오스, 몽골 등 아시아 국가로 시작해서 아프리카, 남미 등 세계 여러 지역으로 확대되었다. 몽골에는 2006년 2명을 시작으로 해서 2007년 3명, 2008년 4명, 2009년 9명, 2010년 9명으로 매년 파견 인원이 증가했으며, 2009년에는 우즈베키스탄에 7명이 파견되어 다른 중앙아시아 국가로까지 확대되었다.
특히 2007년에는 몽골 대통령의 한국 방문기간 중 「한·몽 과학기술협력약정」을 체결하여 양국 간 과학기술협력공동위원회를 개최하기로 합의하는 등 과학기술협력 활동을 본격화하였다.