2008년 2월 29일 설립된 국민권익위원회는 고충민원의 처리와 이에 관련된 불합리한 행정제도를 개선하고, 부패의 발생을 예방하며 부패행위를 효율적으로 규제함으로써 국민의 기본적 권익을 보호하고 행정의 적정성을 확보하며 청렴한 공직 및 사회풍토 확립을 위해 설치되었다.

국민권익위원회는 부패방지와 국민의 권리보호 및 구제를 위하여 과거 국민고충처리위원회와 국가청렴위원회, 국무총리 행정심판위원회 등의 기능을 합쳐 2008년 2월 29일 국무총리 소속으로 새롭게 탄생한 기관이다. 3개의 위원회를 하나로 통합한 이유는 국민고충처리위원회의 국민 권리구제업무와 국가청렴위원회의 국가청렴도 향상을 위한 활동, 행정심판위원회의 행정과 관련한 쟁송업무 등 국민의 권익보호 관련 업무들을 한 기관에서 처리하기 위한 것으로 이러한 기능들이 여러 기관으로 나뉘어져 있어 국민에게 혼란과 불편을 초래함에 따라 고충민원처리, 부패방지 및행정심판 기능을 통합함으로써 국민의 권익 구제 창구를 일원화 하고 신속하고 충실한 원스톱 서비스 체제를 마련한 것이다. 

국민권익위원회는 과거 국민고충처리위원회와 국가청렴위원회, 국무총리 행정심판위원회가 해 왔던 기능들을 그대로 수행하고 있으며 위원회의 기능은 크게 다음 세 가지이다.

▲ 고충민원의 처리와 이와 관련된 불합리한 행정제도 개선
▲ 공직사회 부패 예방·부패행위 규제를 통한 청렴한 공직 및 사회풍토 확립
▲ 행정쟁송을 통하여 행정청의 위법·부당한 처분으로부터 국민의 권리를 보호

법조항의 근거에 따라 세부적인 기능은 다음 각 호에 해당한다. 

1. 국민의 권리보호·권익구제 및 부패방지를 위한 정책의 수립 및 시행
2. 고충민원의 조사와 처리 및 이와 관련된 시정권고 또는 의견표명
3. 고충민원을 유발하는 관련 행정제도 및 그 제도의 운영에 개선이 필요하다고 판단되는 경우 이에 대한 권고 또는 의견표명
4. 위원회가 처리한 고충민원의 결과 및 행정제도의 개선에 관한 실태조사와 평가
5. 공공기관의 부패방지를 위한 시책 및 제도개선 사항의 수립·권고와 이를 위한 공공기관에 대한 실태조사
6. 공공기관의 부패방지시책 추진상황에 대한 실태조사·평가
7. 부패방지 및 권익구제 교육·홍보 계획의 수립·시행
8. 비영리 민간단체의 부패방지활동 지원 등 위원회의 활동과 관련된 개인·법인 또는 단체와의 협력 및 지원
9. 위원회의 활동과 관련된 국제협력
10. 부패행위 신고 안내·상담 및 접수 등
11. 신고자의 보호 및 보상
12. 법령 등에 대한 부패유발요인 검토
13. 부패방지 및 권익구제와 관련된 자료의 수집·관리 및 분석
14. 공직자 행동강령의 시행·운영 및 그 위반행위에 대한 신고의 접수·처리 및 신고자의 보호
15. 민원사항에 관한 안내·상담 및 민원사항 처리실태 확인·지도
16. 온라인 국민참여포털의 통합 운영과 정부민원안내콜센터의 설치·운영
17. 시민고충처리위원회의 활동과 관련한 협력·지원 및 교육
18. 다수인 관련 갈등 사항에 대한 중재·조정 및 기업애로 해소를 위한 기업고충민원의 조사·처리
19. 「행정심판법」 에 따른 국무총리행정심판위원회의 운영에 관한 사항
20. 다른 법령에 따라 위원회의 소관으로 규정된 사항
21. 그 밖에 국민권익 향상을 위하여 국무총리가 위원회에 부의하는 사항

국민권익위원회는 위원장 1명을 포함한 15명의 위원(부위원장 3명과 상임위원 3명을 포함한다)으로 구성한다. 이 경우 부위원장은 각각 고충민원, 부패방지 업무 및 국무총리행정심판위원회의 운영업무로 분장하여 위원장을 보좌한다. 다만, 국무총리행정심판위원회의 구성에 관한 사항은 「행정심판법」 에서 정하는 바에 따른다. 위원장, 부위원장과 위원은 고충민원과 부패방지에 관한 업무를 공정하고 독립적으로 수행할 수 있다고 인정되는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중에서 임명 또는 위촉한다.

1. 대학이나 공인된 연구기관에서 부교수 이상 또는 이에 상당하는 직에 8년 이상 있거나 있었던 자
2. 판사·검사 또는 변호사의 직에 10년 이상 있거나 있었던 자
3. 3급 이상 공무원 또는 고위공무원단에 속하는 공무원의 직에 있거나 있었던 자
4. 건축사·세무사·공인회계사·기술사·변리사의 자격을 소지하고 해당 직종에서 10년 이상 있거나 있었던 자
5. 제33조제1항에 따라 시민고충처리위원회 위원으로 위촉되어 그 직에 4년 이상 있었던 자
6. 그 밖에 사회적 신망이 높고 행정에 관한 식견과 경험이 있는 자로서 시민사회단체로부터 추천을 받은 자

위원장 및 부위원장은 국무총리의 제청으로 대통령이 임명하고, 상임위원은 위원장의 제청으로 대통령이 임명하며, 상임이 아닌 위원은 대통령이 임명 또는 위촉한다. 이 경우 상임이 아닌 위원 중 1명은 국회가, 1명은 대법원장이 각각 추천하는 자를 임명 또는 위촉한다. 위원장과 부위원장은 각각 정무직으로 보하고, 상임위원은 고위공무원단에 속하는 별정직 국가공무원으로 보한다.

국민권익위원회 설치 이전의 3개 위원회 체제에서는 권익구제 창구의 분산, 처리기간 지연, 사후조치 미흡 등으로 권익구제에 대한 국민만족도 저조했으며(민원행정 서비스 만족도(’06년) : 고충위 64.8점-전체기관 평균 68.1점) 사회적 약자 등 권익 소외계층의 권익보호 노력 부족(장애인 등 소외계층, 재외동포, 외국인근로자 등의 권익보호 사각지대 발생)했고, 불합리한 규제․제도에 대한 개선 미흡과 경제발전을 가로막는 부패에 대한 근원적 예방대책에도 미흡 하였다. 이에 새롭게 탄생한 국민권익위원회는 ｢선진일류국가｣ 실현을 위해 ‘국민불만 해소’, ‘국민권익 증진’의 중추적 역할을 수행하기 위한 4대 목표(국민들이 쉽게 찾아오는 위원회, 사회적 약자의 든든한 이웃, 민생경제 살리기를 뒷받침 하는 일꾼, 정부의 투명성을 담보하는 지킴이)를 설정하였다.