어업면허를 받으면 일정한 구역(어장)을 배타독점적으로 이용할 수 있으나 면허를 받은 이후라 하더라도 공익상 필요 등에 의해 어업이 제한, 정지, 취소될 수도 있는데 1953년의 제정 「수산업법」 제20조에서는 이러한 사항을 다음과 같이 규정하고 있다. 즉 행정관청은 ① 수산자원의 증식보호 상 필요한 때, ② 국방 기타 군사상 필요한 때, ③ 선박의 항행․정박․계류․수저전선(水底電線)의 부설 기타 공익상 필요한 때, ④ 어업의 면허 또는 허가를 받은 자가 본 법에 의해 발령하는 명령, 이에 의한 처분 또는 제한이나 조건에 위반한 때 면허 또는 허가한 어업을 제한․정지하거나 취소할 수 있다.

이후 이러한 규정은 계속 수정․보완되어 갔는데 1963.4.11의 「수산업법」 개정 시에는 어업의 제한 등 외에 어선을 계류할 수 있도록 했고, 1965.12.30일의 「수산업법」 개정 시에는 어업의 제한 등의 사유로서 외국과의 어업에 관한 협정과 기타 수산에 관한 법령에 위반한 때를 추가하였다. 그런데 이러한 어업조정에 관한 사항이 가장 많이 수정․보완된 것은 2001.1.29의 「수산업법」 개정 시로서 행정관청의 장이 시행할 수 있는 행정처분의 내용에 어선의 출항과 입항을 제한하는 것이 추가되었고, 어업의 제한 등을 할 수 있는 사유로서 어업활동상 안전사고 예방 등을 위하여 필요한 때를 추가하였다. 그리고 지금까지 어업의 제한 등에 관한 사항을 농림수산식품부령으로 정하던 것을 국방부, 행정자치부 및 농림수산식품부 공동부령으로 정하도록 개정하였다.