허가어업을 하기 위해서는 어업허가라는 행정처분이 있어야 하는데 어업허가에 관한 사항은 1953년 「수산업법」 제정 당시부터 동 법에서 정하고 있다. 한편 신고어업은 면허어업, 시험어업, 연구어업 및 교습어업과 허가어업에 속하지 않은 어업으로서 이 어업에 종사하기 위해서는 신고라는 행정절차가 필요하다. 이러한 신고어업에 관한 사항도 「수산업법」 제정 당시부터 동 법에서 규정하고 있다.

허가어업은 크게 농림수산식품부장관의 허가가 필요한 어업과 시․도지사의 허가가 필요한 어업 및 시장․군수․구청장의 허가가 필요한 어업으로 나눌 수 있다. 우선 농림수산식품부장관의 허가어업은 총 톤수 8톤 이상의 동력어선 또는 수산자원을 보호하고 어업조정을 하기 위하여 특히 필요하여 「수산업법시행령」으로 정하는 총 톤수 8톤 미만의 동력어선을 사용하는 어업(근해어업)으로서 그 종류는 다음과 같이 13개로 나눌 수 있다. 즉 대형기선저인망어업, 중형기선저인망어업, 근해트롤어업, 근해선망어업, 근해채낚기어업, 기선선인망어업, 근해자망어업, 근해안강망어업, 근해봉수망어업, 잠수기어업, 근해통발어업, 근해형망어업, 근해연승어업이 그것이다. 

다음 시․도지사 허가어업은 다시 다음과 같이 3가지로 나눌 수 있다. 첫째, 무동력어선, 총 톤수 8톤 미만의 동력어선 또는 어선의 안전조업과 어업조정을 위하여 「수산업법시행령」으로 정하는 총 톤수 8톤 이상 10톤 미만의 동력어선을 사용하는 어업(연안어업)이 그것으로 이것은 다시 연안자망어업, 연안개량안강망어업, 연안선망어업, 연안통발어업, 연안들망어업, 연안조망어업, 연안선인망어업, 연안복합어업의 8개의 종류로 나눌 수 있다. 둘째, 인공적으로 조성한 육상의 해수면에서 시설물을 설치하여 수산동식물을 양식하는 어업(육상해수양식어업)은 시․도지사의 허가를 받아야 한다. 셋째, 일정하게 구획된 바다․바닷가 또는 인공적으로 조성한 육상의 해수면에 시설물을 설치하여 수산종묘를 생산하는 어업(종묘생산어업)으로서 이것은 다시 육상종묘생산어업과 해상종묘생산어업으로 구분이 된다. 

마지막으로, 시장․군수․구청장 허가어업은 일정한 수역을 정하여 무동력어선, 총 톤수 5톤 미만의 동력어선 또는 어구를 이용하여 「수산업법시행령」으로 정하는 어업(구획어업)으로서 이것은 다시 정치성구획어업과 이동성구획어업으로 구분된다. 

이상과 같은 허가어업에 있어서 어업별 어업의 명칭, 어선의 톤수, 기관의 마력, 어업허가의 유예, 허가의 제한사유, 양륙항의 지정, 조업해역의 구분 및 허가어선의 대체, 연안어업과 구획어업에 대한 허가의 정수 및 그 어업에 사용하는 어선의 선복량의 제한, 부속선과 사용하는 어구의 종류와 규모, 육상해수양식어업의 양식물, 종묘생산어업의 종묘의 종류 및 육상해수양식어업과 종묘생산어업의 시설기준 등은 별도로 「수산업법시행령」에서 규정을 하고 있다. 그리고 어업허가의 유효기간은 5년으로 하되 어선을 임차하여 사용하는 등의 경우에는 그 유효기간을 단축할 수 있도록 되어 있다. 

한편 맨손어업, 나잠(裸潛)어업 및 투망어업을 하기 위해서는 시장․군수․구청장에게 신고를 해야 하는데 신고자가 소정의 양식을 갖추어 신고를 하면 행정기관에서는 신고증명서를 내주어야 하며 신고의 유예기간은 5년이고 공익사업의 시행 등을 위해서는 그 유효기간을 단축할 수 있다. 또한 신고자는 연간 60일 이상 조업을 해야 하고, 다른 법령에서 규정하고 있는 사항을 위반하지 않아야 하며, 어업분쟁이나어업조정 등을 위하여 정하는 사항을 지켜야 하도록 되어 있다.

법제처, 수산업법 및 수산업법시행령
한국농촌경제연구원, 《한국농정 40년사》, 1989
해양수산부, 《수산업법 연혁》, 2001