그러다가 1963.12.16에 대통령령인 「수산자원보호령」을 제정, 시행하였는데 이것은 모두 29조 부칙 2항 별표 10 및 관련 부도로 구성되어 있었다. 이후 1990년대 중반까지 여러 차례 개정되었으나 대부분이 「수산업법」의 개정에 따른 관계 조항의 정비, 비현실적인 규정의 삭제, 일부 새로운 규정의 신설 등이었는데 본질적이거나 대폭적인 개정은 없었다.

한편 1996.12.31의 「수산업법」 개정에서는 상당한 분야에 걸쳐 개정이 되었는데 위생관리를 위한 어업의 제한, 위생관리기준의 설정, 총허용어획량의 결정 및 관리, 총허용어획량 관리대상 수산자원의 판매장소 지정 등에 관한 내용이 신설되었다. 그 이후에도 여러 차례 수산자원보호령의 개정이 있었으나 개정의 주요 내용이 「수산업법」의 개정에 따른 관계 조항의 정비 등이 중심을 이루고 있다.

현재 「수산자원보호령」은 본문 39개 조, 부칙 2개 조 및 13개의 별표, 2개의 부도로 이루어져 있으며, 2008.3.29에 최종 개정이 되었다. 제2조 정의, 제3조의 적용범위에 이어 제4조에서는 대형기선저인망어업 등 7개의 근해어업 업종과 삼치포획을 목적으로 한 근해자망어업․연안자망어업 및 근해선망어업에 대한 금지구역을 별표 및 부도를 통해 규정하고 있다. 제5조에서는 특별한 경우를 제외하고는 2중 이상의 자망에 대한 사용금지를, 제6조에는 그물코 규격을 정하고 있고, 제7조에서는 어구의 규모제한에 관한 사항을 규정하고 있다. 제9조에서는 별표 10에 해당하는 금지기간과 금지구역에서 금지하는 행위를 해서는 안 된다고 하고 있고, 제10조에서는 은어와 중하의 포획금지구역과 기간을 정하고 있다. 그리고 제11조에서는 별표 11에서 정하는 수산동식물의 포획․채취금지기간을, 제12조에서는 별표 12에서 정하는 수산동식물의 포획․채취금지 체장 및 체중을, 제13조에서는 대게 등의 암컷의 포획금지를, 제14조에서는 어란채취 및 치어포획의 제한에 관한 사항을 규정하고 있다.

제15조에서는 외국에서 수산동식물을 반입하여 이식하려는 경우에 대해서는 국립수산과학원장의 승인을 받아야 함을, 제16조에서는 멸종 위기에 처한 수산동식물을 보호하기 위한 조치를 정하고 있고, 제17조는 비어업자는 법에서 정하는 어구나 방법 외에는 수산동식물을 포획․채취하지 못하도록 하고 있으며, 제18조에는 학술연구조사 등을 위해서는 일부 규제가 허용됨을 정하고 있다. 한편 제19조에서는 수산동식물의 번식․보호를 위해서 수질보전의 기준을 정하고, 양식이나 병해방지를 우한 약품 및 물질의 사용기준과 그 사용의 제한 등에 관한 사항을 정하고 있고, 제10조에서는 근해어업의 조업구역과 허가정수 등을 정하고 있으며, 제21조에서는 자원보호 및 어업조정을 위하여 필요한 포획․채취물의 종류, 체장, 시기 등을 제한하는 내용을 규정하고 있다.

제22조에서는 위생관리를 위한 어업의 제한을, 제23조에서는 위생관리기준의 설정 등을 규정하고 있고, 제24조에서는 어선과 어구의 제한 또는 금지에 관한 사항을, 제25조에서는사용이 허가된 어업에서만 어선을 사용하도록 정하고 있으며, 제26조에서는 근해어업을 대체할 경우 허가받은 톤수를 초과해서는 안 됨을 규정하고 있다. 그리고 제27조에서는 어선의 설비에 대한 제한을, 제28조에서는 어업권보호구역에서의 행위제한에 관한 사항을 정하고 있고, 제29조에서는 어업협정 등의 시행을 위한 제한 또는 금지를 정하고 있다. 한편 제30조 및 제31조에서는 총허용어획량의 결정과 관리를, 제32조에서는 총허용어획량 관리대상 수산자원의 판매장소 지정을 정하고 있고, 제33조~제35조에서는 수산물의 포장 및 용기의 제한, 수산물의 규격화 추진, 범칙 포획, 채취물의 판매금지를 정하고 있으며 제36조에서는 수산자원보호구역의 자원동태조사를 규정하고 있다. 그리고 마지막 제37~제39조에서는 벌칙사항을 정하고 있다.