이 시기 관세정책의 중요한 특징 중의 하나는 가공도별 관세율 격차가 상당부분 해소되는 방향으로 진전되었다는 점이다. 특히 1984～1988년 시행된 제1차 관세율인하 예시제도와 1989～1993년의 제2차 관세율인하 예시제도의 시행 결과 균등관세율 구조가 기본 구조로 자리 잡았다. 즉, 1988년 비경쟁원료, 경쟁원료, 일반 공산품, 사치성 소비재의 관세율이 각각 5%, 10%, 20%, 30～50%였던 것이 1994년에는 1～2%, 3%, 8%, 8% 수준으로 인하됨과 동시에 품목 간 격차가 상당 부분 해소되었다. 이러한 균등한 관세율 구조를 가져오게 관세정책은 자원배분 왜곡을 크게 감소시킴으로써 후생측면에서 바람직한 것으로 평가되고 있다. 1997년에는 관세율 균등화 체계를 운영하는 과정에서 드러난 문제점을 해결하기 위해 관세율을 일부 조정하는 보완조치를 취하였다. 이 보완조치는 관세인하의 실효성 확보와 동시에 일부 경쟁력이 취약한 산업의 생산기반 유지를 지원하는 것을 목적으로 기초 원료 및 중간재에 대해서는 저세율을 계속 유지하지만 경쟁력이 취약한 물품은 적정한 수준의 관세율을 책정하는 것을 내용으로 하고 있다.

즉, UR 협상 타결로 공산품, 농·수·축산품 및 서비스 제품에 대한 관세의 점진적 철폐 또는 인하, 통관 관련 지적재산권 보호의 강화, 조달시장 및 서비스시장의 개방 등 세계경제는 새로운 국면을 맞게 되었다. 시장개방의 확대로 국경없는 무역이 이루어지는 등 지구촌 경제권이 형성되면서 세계 각국 기업 간의 경쟁도 치열해지고 더불어 선진공업국들이 첨단 핵심기술의 이전을 회피하는 기술보호주의, 기술패권주의를 강화하는 경향도 심화되었다. 

무역정책 면에서 1990년대는 WTO 가입과 더불어 수출경쟁력 강화를 통한 수출신장, 무역기반 확충과 무역구조 고도화, 수입개방의 효율적 추진, 무역제도 선진화 등을 위한 시책을 시행하였다. 이를 위해 유망 수출상품의 세계 일류화 추진, 수출자율규제, 수입자율화, 개별법에 의한 수입관리제도 정비, 수입선다변화품목 조정, 무역전산화 등이 추진되었다. 1996년에는 OECD에 가입하여 경상무역외 거래와 자본자유화 규약에 따라 국내법규와 제도를 정비하였다. 이러한 WTO와 OECD 가입에 따라 1990년대 관세정책과 제도는 각종 국제규범에 부합하도록 선진화하는 방향으로 실행되었으며, 관세율도 국제 수준으로 인하되게 되었다.

수출입자의 편의를 위한 관세행정 확립도 이 시기에 이루어졌는데, 우선 1996년 보세구역 반입 후 보세운송의 허가제를 신고제로 전환하여 보세제도와 관련된 규제를 완화하였다. 또한 수출·수입이 반복되면 대부분 재수출 면세를 받는 컨테이너에 대한 무관세 조치를 시행함으로써 면세에 따른 사후 관리절차를 폐지하였다. 감면물품의 경우 계열중소기업에 임대하는 경우에도 감면승계를 허용하도록 하였다. 1994년에는 신고납부서 교부제를 폐지함으로써 납세의무자가 편리한 시점과 장소에서 납부할 수 있도록 하도록 하였다. 

1994년덤핑방지관세 등 탄력관세의 부과대상 및 세율 등을 재무부령으로 정하도록 하여 국내산업피해가 신속히 구제되도록 하였으며 1996년에는 덤핑방지부과대상을 수출자 및 수출국으로 하던 것을 WTO의 덤핑방지관세협약과 일치시켜 생산자 및 생산국도 포함한 개념의 공급자 또는 공급국으로 하여 우회 덤핑수입을 방지하도록 덤핑방지제도를 국제법에 맞게 보완하였다. 같은 해 긴급관세의 부과수준, 잠정긴급관세의 부과·중단 및 환급 등에 관한 사항을 신설하여 긴급관세규정을 보완하였다. 또한 1991년 수입자유화에 따른 농·임·축산업을 보호하기 위하여 수입지와 국내의 가격 차이에 상당하는 비율을 가산하여 관세를 부과할 수 있도록 하였다. 1995년에는 UR 협상에서 양허한 농·임·축산물에 대한 특별긴급관세 부과 근거를 「관세법」에 마련하여 저가 농·임·축산물의 일시적 수입급증으로 인한 국내 농·림·축산물의 피해를 예방하도록 하였다. 

1994년에는 시장개방의 확대에 대응하고 공정무역거래를 도모하기 위하여 지적재산권보호 및 원산지표시 확인제도의 도입 등을 강화하였다. 즉, 상표권·저작권 침해물품에 대한 세관단속 근거를 마련하였으며 세관 통관심사 시 원산지 표시를 확인함으로써 국내소비자·생산자가 공정한 거래를 할 수 있도록 하였다. 통관된 물품이라도 관세법 위반물품으로 확인된 경우에는 보세구역 안으로 반입 명령할 수 있도록 하여 통관절차 간소화에 따른 부작용을 방지하기로 하였으며, 특정용도로 수입된 물품이 반출 후 다른 용도로 사용되는 것을 방지하기 위하여 면허 시 조건을 부과하는 제도도 도입하였다. 

관세감면 제도와 관련하여 첨단기술산업의 중요성을 감안하여 첨단기술의 모든 분야로 관세감면대상을 확대하고 이를 1997년까지 연장하도록 하였다. 감면율은 1994년 50%, 1995년 40%, 1996년 30%, 1997년 10%로 매년 10%씩 인하하였으며, 고도기술이 수록된 산업용 마그네틱 또는 디스크를 수입하는 경우에도 관세를 감면하도록 하였다. 또한 생산성 향상을 위하여 사용될 공장 자동화기기 및 설비를 수입하는 경우에도 그 관세를 감면하도록 하였으며, 국민생활환경 개선을 위하여 국가 및 지방자치단체 또는 이들이 설립한 법인이 환경오염 측정, 분석용 기기와 상수도 수질 측정, 보전·향상 및 폐기물처리를 위한 기구 등을 수입하는 경우에도 관세감면을 허용하였다. 더불어 동일한 물품의 재수입 또는 재수출의 경우에 감면 받을 수 있는 재수출 기간을 3개월 내지 1년에서 6개월 내지 2년으로 연장하도록 하여 수출업체 등의 부담을 완화하도록 하였다. 중소기업의 자금부담 완화를 위해서는 중소제조업체가 직접 사용하기 위하여 수입하는 물품의 관세를 분할납부 대상에 추가하고, 기술개발 촉진을 위하여 관세 분할납부 대상이 되는 연구기관의 범위를 확대하였다. 1994년 특정산업에 대한 감면을 점진적으로 축소하는 한편, 공장 자동화기계의 핵심부품에 대한 감면제도를 신설하여 기능별 관세감면제도를 보강하기도 하였다. 또한 관세감면 물품에 대한 사후 관리기간도 5년에서 3년으로 단축하여 장기간의 사후관리로 인한 업계의 부담을 완화하였다. 

보세제도의 보완과 관련해서는 보세구역의 지정을 국가·지방자치단체 또는 공공단체가 관리하는 공항 또는 항만시설을 관세당국이 해당기관의 동의를 얻어 지정할 수 있도록 하여 증가하는 수출입 물동량에 대비하도록 하였다. 보세구역 이외의 지역에 장치할 수 있는 물품의 범위를 모든 수출물품으로 확대하는 한편, 보세구역에 장치하기가 부적당한 수입물품으로까지 그 범위를 확대하되, 보세화물의 적정관리를 위하여 필요시 그 시설을 보완할 수 있도록 조치를 취하였다. 

1990년대에는 관세행정 개선을 위한 전산화를 추진하였는데, 이를 위해 수출신고 등을 전산으로 처리할 수 있도록 하고, 전산처리 설비를 이용하는 경우 관계서류의 제출을 생략하거나 간이로 할 수 있도록 하였다. 특히 EDI 시스템을 1996년부터 조기 도입함으로써 통관절차의 전산화에 빠른 진전을 보였다. 또한 관세사의 책임과 사명감을 고취시키고 원활한 관세사제도의 운용을 도모하기 위하여 기존 관세법 중 관세사 관련조항을 분리하여 1995년 12월 6일 별도의 「관세사법」으로 제정하기도 하였다. 부정외래품의 시중 유통단속을 원활히 하기 위하여 외국에서 판매하는 시설영업장에 대하여는 판매하고 있는 물품이 정상적으로 수입된 물품임을 판매자가 증명토록 하는 한편, 행정질서범칙 중 경미한 사항에 대하여는 벌금 대신 과태료를 부과하도록 하여 과벌의 형평성을 유지하였다.