1980년대에는 관세율의 지속적 인하가 이루어졌다. 이에 따라 물가인하, 수입수요 증가, 관세수입 감소 등의 효과가 나타났다. 관세감면 운영방식 면에서도 산업별 관세감면제도가 관세의 중립성을 저해한다는 점을 감안하여 주요 산업에 대한 감면지원제도는 점진적으로 축소내지 폐지하는 반면에, 생산성 향상과 기술의 연구·개발, 환경보전 및 산재예방 관련 물품에 대한 감면범위는 확대하였다. 그 결과 산업별 관세감면은 점진적으로 축소되었고 기능별 감면은 점진적으로 증가하는 추세가 나타났다. 그러나 이와 같은 관세감면 운영방식의 전환은 주요 산업 감세 폭을 대폭 축소하여 과세수입이 감소되는 부정적인 효과가 나타나기도 하였다.

대내적으로는 중화학 부문의 경영부실과 과잉투자로 인한 부실화를 막기 위해 중화학공업 투자조정 방안을 발표하고 산업구조 조정정책을 시행하였다. 아울러 기업의 대형화, 독점화 현상에 따른 경제력집중 문제가 심각하게 제기됨에 따라 1980년 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」을 제정하였다. 무역정책면에서는 1986년 「대외무역법」을 제정하고 수출을 통한 성장정책을 지속적으로 추진하였다. 이 시기 수출진흥정책은 수출상품의 양적 확대보다 질적 개선에 역점이 두고 국내산업의 생산성 향상과 기술혁신을 통한 수출상품의 경쟁력강화 및 고부가가치화 등을 위한 노력을 확대하였다. 또한 국내산업의 국제경쟁력이 어느 정도 강화되면서 수입자유화를 본격적으로 확대하기 시작하였다.

이러한 배경 하에서 1980년대에는 한국경제의 제2의 도약을 위한 산업의 경쟁력을 촉진할 수 있는 관세제도를 마련해야 했다. 이 시기 관세정책의 특징은 국내산업 보호 및 재정수입 확보 중심에서 벗어나 국제화, 개방화 시대에 부합되는 정책이 시행되었다는 점이다. 이러한 관세정책의 기본 방향 하에서 고관세율이 관세율 예시제도에 의거해 매년 점차 인하되었다. 고관세율에 의한 과보호 축소, 시장개방에 따른 국내산업 보호, 차등세율 및 누진세율 축소, 관세율 체계 개편, 관세제도의 선진화, 국제관세협력 강화 시책 등이 시행되었다.

1983년 「관세법」 개정의 특징은 지나친 보호요소를 과감하게 제거하여 국내기업의 대외경쟁기반을 조성하고 대외 공정경쟁을 통하여 국민경제의 체질을 강화하는데 역점을 두었다. 좀 더 구체적으로 고관세율 구조에 의한 과도한 보호를 제거하며, 차등세율․누진세율 체계를 축소하며, 수입자유화 품목으로 수입이 급증하는 품목에 대해서는 조정관세를 신설하여 국내산업을 한시적으로 보호하며, 관세예시제도를 도입하여 관세정책의 방향을 명시적으로 제시하고 관세율 구조 개편에 대한 적응기간을 부여하였다. 

1983년 관세율 개편의 주요 내용은 국내생산이 불가능하거나 물량이 부족한 비경쟁 원자재의 관세율은 10%에서 5%로, 국내생산 경쟁 원자재의 관세율은 15∼30%에서 10%로 인하하였다. 또한 독과점 품목이거나 전방산업의 투입비중이 큰 품목은 종래의 30%에서 20%로 인하하고, 중소기업제품, 신규개발 품목 및 후방산업에 문제가 있는 산업은 30%→25%→20% 순으로 단계적으로 인하하였다. 내수위주 산업보호를 지양하기 위해 소비재에 대한 고보호세율을 인하하였는데, 신발, 직물류 등은 50∼60% 수준에서 1984년 40%로 인하한 후 단계적으로 20% 수준에 수렴하고, 화장품·주방용품 등 수입선호도가 큰 소비재는 종래의 50%에서 40% 인하한 후 30%로 조정하였다. 또한 농산물에 대해서도 원칙적으로 공산품과 차등을 두지 않고 관세율을 인하하여 과보호를 지양하였다. 이러한 관세율 조정에 따라 평균관세율이 1982년 23.7%에서 1983년 20.6%로 인하되었다.

1983년 관세법 개정에서는 또한 차등세율을 축소하기 위해 특정산업에 대한 무한적 편중 지원제도의 폐지 및 기능별 일반지원제도의 도입, 공정경쟁 기반의 구축을 위한 산업별 차등지원 폐지 등의 조치가 취해졌고, 산업별 차등 분납제도를 물품별 균등 분납제도로 전환하여 분납대상 물품으로 지정된 물품은 산업별 차등 없이 동일기간 분납혜택을 받도록 함으로써 모든 산업에서 정부지원이 균등화되도록 노력하였다. 

1984년 관세정책 중에서 괄목할만한 조치는 1975년부터 실시해 온 수출용 원자재에 대한 관세환급제도의 전면적 개편이다. 이에 따라 기산액 선환급․후정산 제도, 전수출품목에 대한 부재료 정액 환급제, 평균세액 증명제도가 도입되었다.

1987년 시행된 주요 관세정책은 관세율 표 체계의 HS로의 정비와 국제관세협력 강화로서 국제관세협약을 통해 통관관리제도를 국제화·효율화하기 위하여 노력하였다. 1987년 관세율 표 상의 관세품목 분류체계를 관세협력이사회(CCC) 분류방식인 CCCN(Customs Cooperation Council Nomenclature)에서 국제통일상품명 및 부호체계방식인 HS(Harmonized Commodity Description and Coding System)로 전환하였다. HS는 관세, 통계, 운송 등 모든 분야에 공통으로 사용하기 위하여 마련된, 통일된 다목적 공통품목 분류표로서 한국은 1988년 1월부터 이를 채택하여 실시하였다. 이에 따라 1988년 관세율 표는 HS 4단위로 1,241개, 6단위로 5,019개, 10단위로 10,205개 품목으로 구성되게 되었다. 또한 수입물품의 과세가격을 결정하는데 있어 과거의 관념적인 정상가격에 의하지 않고 수입자가 실제로 지불한 가격을 기준으로 책정하도록 하였다. 

1988년의 「관세법」 개정은 높은 세율은 대폭적으로 인하하고 낮은 세율은 소폭 인하하되 저세율의 원료를 사용하는 1차 가공품의 관세율은 대폭 인하하는데 중점을 두고 이루어졌다. 이를 뒷받침하기 위해 1989년부터 1993년까지 5년간의 세율을 점진적으로 인하하는 관세율예시제를 도입하였다. 1988년에는 1978년에 마련되어 시행되어 온 수입통관제도를 국내외 경제여건에 맞게 개편하였다. 그 개편내용은 수입 컨테이너 내장장치 상태의 검사범위 확대, 사전 수입신고제도의 도입, 통관 후 세액심사제도의 도입, 기업관리 방식의 지정 세관제도 운영, 물품 검사제도의 개선 등이다. 한편 1988년에는 17개국 개발도상국 상호간 관세양허 혜택을 주는 범개발도상국간 일반특혜관세제도(GSP)가 6월 11일부터 발효됨에 따라 한국은 가맹국에 대해 초산 등 26개 품목의 수입관세를 인하하였고, 그 대가로 한국은 1,170개 품목의 관세양허 혜택을 받았다.

관세 형벌제도의 합리화를 위해 무면허 반출죄를 개정하여 수출입허가를 받아 보세장치장에 장치 중 면허를 받지 않고 반출한 경우도 보세장치장 무면허 반출죄를 적용하도록 하였다. 또한 관세사가 업무상 알게 된 비밀을 누설한 때에도 비밀누설죄를 신설하여 세무사의 비밀누설금지 의무의 실효성을 확보하고 세무사·공인회계사 등과 균형을 이루도록 하였다.

관세 포탈의 경우 범칙물품 전부를 몰수하도록 한 처벌을 완화하여 포탈한 세액이 차지하는 비율에 상당하는 물품만을 몰수하거나 그에 상당하는 금액을 추징할 수 있도록 하였다.

1989년 관세정책의 기본 방향은 종래 국내산업 보호, 재정수입 확보 중심의 전통적인 관세정책에서 벗어나 국제화, 개방화에 부합되는 정책을 시행하는데 역점을 두었다. 이에 따라 선진국과의 통상마찰 완화, 국내외 기업 간의 건전한 경쟁질서의 조성 등을 위해 관세제도의 비효율적인 요소가 정비되었다.