한국은 1945년 해방을 맞이하면서 남북한으로 분단됨에 따라 외국원조 없이는 자주적으로 경제활동을 영위하기가 힘들었다. 국민경제가 취약해 세입재원의 대부분을 차입금 및 국채발행으로 보전하였고 원조물자와 미군의 불하물자 등에 의하여 국민경제가 순환되었다. 종전과 함께 후퇴하는 일본인의 불법 재산반출을 통제하기 위하여 자발적인 관세사무소가 일찍이 설립되기는 했으나 본격적인 관세기능이 회복된 것은 미군정 당국이 밀무역을 단속하기 위해서 관세기능을 회복시켜야 한다고 판단한 때부터라고 할 수 있다. 미군정은 관세기능을 회복하기 위해 자주적 법령 부재의 상황하에서 1945년 11월 미군정법령 제21호를 발동하여 별도조치 시까지 일제시대의 구관세법, 관세정률법 등을 잠정적으로 운용토록 하였다. 이 시기에 관세정책은 고유의 목적이 아닌 밀수방지와 악성 인플레이션의 억제에 주된 목적을 두고 있었다. 그러나 일제시대의 관세법은 전후 물자가 귀하고 산업이 마비된 당시의 시대상황에는 적합하지 못하였기 때문에 3개년 간의 군정기간 중 3차례의 법령개정이 있었다. 즉 1946년 10월에는 법령 제116호에 의하여 수입관세율을 전면적으로 10% 인하하였고, 1948년 4월에는 법령 제177호에 의하여 모든 수입물품에 대하여 종래의 종량세를 10%의 균일 종가세로 전환하였으며 양곡, 식료품 등 13개 품목을 면세대상 품목으로 확대 적용하였으며, 1948년 7월에도 법령 제211호에 의해서 관세법을 개정하였다.
1948년 8월 15일 정부가 수립되고 한국은 독립국가로서 자주적인 관세정책의 마련이 시급한 문제로 제기되었다. 이에 1949년 11월 23일 해방 이후 처음으로 법률 제67호로 「관세법」을 제정 공포해 일제시대의 다원화된 법체계를 지양하고 단일 법체계로 관세법을 일원화하여 1876년의 개항 이후 최초로 자주적인 관세정책을 시행할 수 있게 되었다. 이 「관세법」의 관세품목 분류체계는 일제 식민지 지배하의 「한일통일관세법」에 적용되었던 자연과학적 분류방식을 그대로 답습하여 유기물, 무기물, 잡품 등 15종류로 분류되고, 이는 다시 756종의 세번과 1,706종의 세율수로 분류되었다. 관세율은 협정관세율 내지 국정관세율로 전환하고 관세는 종가기준으로 과세하며, 평균관세율은 26%, 기본관세율 30%, 최고관세율 100%, 최저관세율 10%이었다. 또한 주요 원자재 및 그 생산물, 건설자재 및 금속제품 등 부족하기 쉬운 주요 물품에 대해서는 면세조치가 취해졌다.
「관세법」의 제정으로 관세정책 자주권이 확립되고 관세정책이 본격적으로 발전할 시기에 6.25 전쟁이 발발함에 따라 관세정책은 전쟁수행을 위한 막대한 군비조달과 인플레이션의 수습 기능을 수행해야 했다. 또한 전쟁으로 인하여 국내산업이 파괴되고 물자가 귀하게 됨에 따라 밀수가 성행하게 되었고 이에 따라 관세정책은 밀수방지에 역점을 두지 않을 수 없게 되었다. 1950년 12월 한국은 6.25 전쟁에 따른 전비조달을 위한 관세수입 확보책으로 재정관세 정책을 강화하기 위하여 「관세임시증징법」을 제정하였다. 이 「관세임시증징법」에 따르면 수입세율표상 무관세품목 중 식량과 서적을 제외한 140개 품목에 대해서 종가 10%의 관세를 전쟁이 종료되는 다음 해의 12월까지 부과하는 것으로 하였다.
관세정책의 이러한 현상은 전쟁기간에 국한된 것이 아니고 휴전 이후에도 지속되었다. 전쟁복구에 필요한 재정수요의 급증과 전후 경제복구 과정에서 물자부족으로 국산품의 양과 질이 현격히 떨어져 밀수가 성행했다. 따라서 이 시기 관세정책은 재정관세로서 전비조달 및 전후 복구자금 조달에 주력하는 한편 밀수를 근절시키는데 온 행정력을 동원하였다. 휴전 이후 1953년 10월, 1957년 1월과 12월, 1958년의 네 차례에 걸쳐 관세율의 개정이 이루어졌다.
1953년 10월 30일 공포된 관세법 개정의 기본 방향은 원조물자와 주요 산업의 시설재 등에 대한 관세 면세범위의 확대, 밀수범 처벌 강화, 무면허 외국물품의 불법거래 단속 강화에 두었다. 그 주요 내용을 살펴보면, 우선 무역을 활성화하기 위해 관세율을 전면적으로 10% 이하로 인하하도록 하였다. 또한 종래 종량세였던 것(약 60%가 종량세였음)을 모두 10% 종가세로 개정하였으며 미곡의 해외방출을 방지하기 위하여 밀수출 운반수단을 몰수하고 밀수관련 공무원을 처벌하는 한편 관세범의 통보자와 단속 직원에 대하여는 탈세물품(벌금 또는 몰수품) 가격의 25%를 초과하지 않는 한도로 상여금을 수여하도록 하였다. 밀수방지를 위한 것으로 보세구역의 물품 장치기간을 6개월로 제한하는 동시에 장치기간 경과 물품은 세관장이 강제 매수하도록 하였으며, 식량품의 면세범위를 확대 적용하도록 하였다.
1957년 1월 1일 공포된 관세법 개정에서는 관세율 표를 전면적으로 개정하여 세번이 종래 756개에서 726개로 축소되었으며 세율수도 1,706개에서 1,229개로 축소되었다. 이 관세법 개정안에 따라 국내 산업보호를 위해 국내산업과 경쟁관계에 있는 물품에 대한 관세율을 높게 책정하는 한편, 기간산업의 육성을 위하여 주요 기간산업의 기초시설재에 대한 관세율을 낮게 책정하였다. 또한 가공공업의 육성을 위하여 체증적 관세구조(tariff escalation)를 도입하여 원료, 반제품, 완제품 순서로 가공도가 높을수록 높은 관세율을 책정하도록 하였으며, 성장 가능성이 높은 국내 유치산업에 대한 보호를 강화하며, 사치성 품목의 수입억제를 위하여 사치성 품목에 대해 높은 관세를 부과하나, 과학기술의 발전을 위하여 과학기자재, 공익용품 등에 대해서는 면세를 하기로 하였다.
1957년 12월에 단행된 관세법 개정에서는 국내 산업기반이 점차 조성됨에 따라 이를 보호 육성하기 위한 목적으로 관세율을 상향 조정하였다. 국내 가공업 육성을 위하여 반제품 수입관세율을 5~10% 인상하였으며, 농업 보호를 위해 농산물에 대한 관세율을 5% 인상하며, 성장 가능성이 높은 국내 유치산업에 대한 보호를 강화하기 위해 경쟁관계에 있는 산업의 관세율을 5~10% 인상하고, 품목 상호간 관세율을 균형적으로 조정하였다.
1958년에도 관세법을 일부 개정하여 관세율을 조정하였으며, 개정 관세율의 현실적 조정과 세분화, 군납 가공업 및 수출품 제조업용 원자재에 대한 감면대상품목 조정 등이 이루어졌다.
1959년의 관세정책은 세입확보, 산업 육성, 국제수지개선, 밀수방지 등에 중점을 두었다. 이를 위해 관세의 부과 및 징수방법이 다소 개선되었으며, 국내산업의 보호 육성을 위해 주요 기반산업의 복구 및 신설, 노후된 생산시설의 개체 등에 소요되는 기자재에 대하여 과세 감면시책이 적극적으로 실시되었다. 또한 국제수지 개선을 위해 국납품 공업원료를 비롯한 모든 군납품에 대해 면세조치가 취해졌으며, 밀수방지를 위해 밀수감시 행정의 개선, 감시장비의 현대화, 해상감시 기동대 편성 등의 조치가 취해졌다. 이 외에도 연중에는 관세행정면에서 기획사무의 강화 및 통계조사 사무의 강화, 관세감정 분석실 설치, 부두시설의 활용과 보세구역 확보 등의 시책이 실시되었다.