1987년 대통령 직속 교육개혁자문기구인 교육개혁심의위원회는 「교육개혁종합구상」에서 장기적으로 국립대학을 법인화해야 한다는 제안을 함으로써, 기존의 국립대학 운영체제의 변화에 대한 논의가 시작되었다. 이것은 세계화 및 국제경쟁력이 강화되는 추세에서 국립대학의 경쟁력을 높이고 교육·연구의 수준을 제고해야 한다는 당위성과 국립대학 재정지원의 부담을 해소하려는 현실적 이유가 반영되어 있다. 1995년 5.31 교육개혁안에는 그 일환으로 국립대학 운영의 자율화 기반을 구축하기 위해서 일반회계와 기성회계로 이원화되어 있는 국립대학 예산회계제도를 특별회계제도로 개편함으로써, 국립대학의 예산운영의 자율성을 강화한다는 계획을 발표하였다. 또한 국립대학의 조직 및 인력관리를 총량관리체제로 전환하여 자율적 운영을 강화하는 조치도 검토되었다.

다시 국립대학 법인화 문제가 본격적으로 제기되기 시작한 것은 2005년 4월 일본의 89개 국립대학이 「국립대학법인법」에 의거 법인으로 변화하는 조치가 시행되면서부터였다. 주변국의 국립대학 법인화 정책은 고등교육개혁의 중요한 정책으로 인식되었고, 대학 구조개혁에 대한 요구가 커지고 국립대학 체제의 개선이 필요하다는 인식에 따라 추진되었다.

교육부는 국립대학 법인화의 목적을 경직성·타율성·현상유지성 운영 체제를 개혁하여 자율성에 기반을 두면서 변화에 능동적으로 대처할 수 있는 운영체제로 전환함으로써 국립대학의 경쟁력을 높이고 대학 스스로 발전할 수 있는 특성화된 교육·연구체제를 구축하기 위한 것으로 제시하고 있다. 2007년에 특별법으로 입법고시한 「국립대법인 설립 운영에 관한 법률」의 주요내용은 지배구조, 재산 및 회계, 책무성, 교원 신분 보장 등이다. 지배구조는 의결기구인 이사회, 심의기구인 교육연구위원회 및 재무경영협의회로 구성하고, 총장은 이사회가 선출하도록 되어 있다.

재산 및 회계제도는 국립대학법인이 소관재산의 재산권을 행사하고 정부는 총액으로 예산을 지원하며, 예산의 편성과 결산은 법인이 담당한다는 것이 주요 골자이다. 또한 필요한 경우 학교채 발행 및 장기차입을 가능하도록 하고, 회계는 국립대학법인회계로 일원화한다는 내용을 담고 있다. 책무성 강화에 대해서는 국립대학의 총장·학장이 교육과학기술부 장관과 협의하여 4년 단위로 경영성과 목표를 설정하고 제3의 기관에서 평가하도록 함으로써, 대학 경영을 효율화한다는 내용이 들어 있다. 교원의 신분보장에 대해서는 법인으로 전환한 이후 교직원은 법인 소속이 전환하고, 사학연금을 적용하되 공무원연금수준을 보장한다는 내용을 담고 있다.

교육부, <교육발전5개년계획(시안)>, 1999.

교육50년사편찬위원회, 『(대한민국 50년)교육 50년사 : 1948-1998』, 교육부, 1998

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