가. 설립과정
한국과학기술원(KAIST)의 중장기 발전목표와 1994년 과학기술처 장관으로 취임한 정근모의 구상이 결합되어 한국의 기초과학을 세계적인 수준으로 끌어올리기 위한 고등과학원의 설립이 추진되었다. 1995년 5월과 6월 두 차례에 걸쳐 세계화추진 과학기술전문위원회에 “과학기술 세계화추진계획(안)”이 상정되었고, 주요 사업으로 고등과학원(가칭) 설립방안이 보고되었다. 다음달 “고등과학원 설립 추진위원회”가 구성되어 각계의 의견을 수렴했으며, 그해 9월 대통령이 고등과학원 설립을 국가사업으로 추진할 것을 공식 밝혔다. 이러한 과정을 거쳐 1996년 10월에 우리나라 최초의 순수기초과학 연구기관으로 KAIST 부설 고등과학원이 설립되었으며, 서울시 동대문구 청량리동에 있는 서울 캠퍼스에 자리를 잡고 수학부와 물리학부 교수 3명과 연구원 3명으로 출발했다. 이 기관은 미국 프린스턴의 고등연구원(Institute for Advanced Study)을 모델로 하여 연구원들이 잡무에 시달리지 않고 연구에 전념할 수 있는 연구환경을 갖추고자 했다.
나. 설립목적 및 의의과학기술자 양성을 3단계로 분류할 때, 외국에서 단순히 기술을 습득해 오는 단계가 1단계이며, 외국에서 배운 지식을 귀국하여 국내 학생들에게 가르치면서 대학 및 대학원 교육이 정상화되는 단계가 2단계이고, 3단계는 세계무대에 나서서 세계의 과학기술을 선도할 수 있는 단계로 박사후 과정(Post-doc.)을 충실히 하여 세계적인 중견과학자로 양성시켜 국내는 물론 국외의 대학이나 산업체로 내보내는 단계이다. 한국과학기술원의 설립이 2단계를 시작했다면, 고등과학원은 바로 3단계를 목표로 한 기관이다. 즉 국가 기초과학 발전과 세계무대를 이끄는 초일류의 창조적 인재를 양성하는 차원 높은 거점 연구기구를 지향하고 있다.
다. 현황 및 기능현재 고등과학원은 수학부, 물리학부(응집물리 및 통계물리, 소립자 및 우주 천체물리, 핵 및 플라즈마 물리), 계산과학부(computational sciences)의 세 학부로 운영되고 있으며, 각 학부에는 세계적인 석학교수를 포함한 교수진과 젊고 유능한 연구원들이 각각의 분야에서 창의적 과제 중심의 연구를 하고 있다. 또한, 활발한 국제 학술행사 및 세미나, 그리고, 방문연구 프로그램을 통해 해외의 최신 연구를 국내학자들에게 소개하고 상호 교류함으로써 국내 기초과학의 선도적 역할 및 세계적 수준의 연구를 하고 있다. 고등과학원은 신진과학자들이 저명한 과학자들의 지도아래 전문분야의 연구에 몰두할 수 있는 연구기관이며, 중견과학자들이 외국에 나가지 않고도 세계적인 석학들과 정보를 교환하여 과학지식을 보강할 수 있는 연구가 연구기관을 지향하고 있다. 활발한 세미나와 특강을 통하여 국내외 새로운 이론을 신속히 전달 교류하며 첨단자료나 아이디어를 얻을 수 있고 학문적 명상에 잠길 수 있는 창의적 학문 토론의 장이 되고자 하며, 국내외 과학자들이 세계적인 석학들과 함께 기초과학의 연구발전 및 방향상담과 국가 기초과학 정책수립에 기여할 수 있는 기초과학연구 자문기관이자 연구원 연수를 마친 과학인재를 국내대학의 교수나 연구소의 연구원으로 보내주는 우수인재 공급기관으로 기능하고 있다.