「행정기관의조직과정원에관한통칙」(이하 ‘통칙’)은 국가행정기관의 조직 및 정원의 합리적인 책정과 관리를 위한 일반적인 기준을 정하고 있는 기본규정으로 정부조직법의 시행령 성격을 지닌다. 특히, ‘통칙’에 근거하여 행정담당부가 권력을 행사할 수 있으며, 조직에 관한 일반적인 원칙을 정함으로써 범정부차원에서 능률적 조직 관리를 하고자 하는 것이다.
통칙의 주요 특징은 다음과 같다.
첫째, 조직을 설치할 때 필요한 여러 가지 기준을 제시하고 있다. 예를 들면, 조직과 정원에 관해서는 “업무의 성질 또는 기능” 그리고 “업무의 양”과 같은 것들을 들고 있다. 또한 그 업무가 “독자성과 계속성”이 있어야 하고, 기존의 행정기관의 업무와 “중복성”이 없어야 한다. 또한 기존 행정기관의 직무 개편 등만으로 그 업무를 수행할 수 없을 정도로 “타당성”이 있어야 한다. 직급을 배정할 때에는 업무의 성질, 난이도, 책임도 및 다른 행정기관과의 균형 등을 고려해야 한다.
둘째, 통칙은 직제단위와 직제로 규정할 사항을 요구하고 있다. 원, 부, 처, 청, 국(외국)은 전부 직제라는 것을 갖고 있어야 한다. 직제는 대통령령으로 ①행정기관의 설치와 그 소관업무, ②하부조직과 그 분장업무 행정기관의 설치와 그 소관업무, ③직위에 부여되는 계급, ④기타 행정기관의 운영에 관하여 필요한 사항을 포함하고 있어야 한다. 여기에 직제 시행규칙을 통해 좀 더 세부적인 사항을 규정하도록 하고 있다.
셋째, 기능의 배분에 관한 내용을 규정하고 있다. 즉, 행정기관의 업무 중 기획·조정 또는 통제기능에 속하는 업무와 전국적 통일을 요하는 집행업무는 중앙행정기관에, 가타의 집행업무는 지방행정기관에 배분하고 있다.
넷째, 조직이 팽창하는 것을 억제하기 위해 정원관리 및 정원의 배정에 관한 규정을 두고 있다. 조직과 정원의 관리목표, 기능의 배분과 정원의 배정, 기관별 정원의 관리, 파견 등으로 인한 별도 정원의 관리, 정원의 통합관리, 정원의 운영과 통보, 조직진단, 정원감사 등에 관한 규정이다. 또한 행정기관에는 그 업무의 성질과 양에 따라 적정한 종류와 규모의 공무원의 정원을 배정하되, 담당업무의 성질상 특별한 경우를 제외하고는 중앙행정기관에는 5급 이상 또는 고위공무원단에 속하는 공무원과 이를 보조하는 최소한의 6·7급 공무원을, 지방행정기관에는 최소한의 5급 이상 또는 고위공무원단에 속하는 공무원과 사무를 직접 담당하는 6급이하의 공무원을 배정하도록 하고 있다. 특별히, 중앙행정기관의 장은 새로운 업무의 발생, 업무량의 증감 등에 효율적으로 대처하기 위하여 일시적으로 각 차관 및 실장·국장이 담당하는 사무의 일부를 조정하여 수행하도록 하고 있다.
마지막으로, 한시적 조직, 특별지방행정기관, 자문기관, 합의제 행정기관 등의 설치에 관하여 규정하고 있다.