정부는 신지식, 정보화 시대에 대비하여 효율적인 국정운영체제를 구축하기 위하여 정부기능을 핵심역량 위주로 재편하면서 신설된 경제정책조정회의의 효율적인 운영을 위하여 재정경제부의 경제정책조정기능을 강화하고 금융기관인가 사무는 금융감독위원회로 이관하였으며 외국인투자유치 기능을 산업자원부(현 지식경제부)로 이관하였다. 이에 따라 재정경제부는 경제사회발전 중장기정책의 수립 및 조정,조세제도 및 관련 정책의 수립, 금융정책 및 제도에 관한 정책의 수립, 국고 및 국유재산에 관한 사무의 관리, 외환 및 외채관리 정책의 수립, 대외경제협력에 관한 정책의 수립, 국민생활안정을 위한 시책의 발전 등의 사무를 주요 업무로 하고 있다.
재정경제부의 주요부서는 6개의 국과 2개의 실이며 다음과 주요업무를 갖는다. 경제정책국은 중,장기 경제사회발전방향 및 연차별 경제정책방향의 수립과 총괄하고 정책조정국은 주요 경제정책의 총괄, 조정한다. 세제실은 조세정책 및 제도의 기획/입안 및 총괄/조정하며 국고국은 국고, 국유재산, 정부회계, 국가채무에 관한 정책의 수립과 관리를 총괄한다. 금융정책국은 금융정책의 기획 및 총괄이 주요업무이며 국제금융국은 외국환 및 국제금융에 관한 정책의 총괄한다. 경제협력국은 대외관련 및 남북경제교류협력 장,단기 경제정책의 개발·기획/입안 및 조정한다.
그밖에 재정경제부는 국세심판원, 금융정보분석원, 공적자금관리 위원회 사무국, 경제자유구역 기획단, 지역특화발전 특구기획단, 자유무역협정 국내대책본부를 운용하고 있다.
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