대통령의 국정운영을 적절히 보좌하기 위한 헌법기구로써 국민경제자문회의, 민주평화통일자문회의, 국무총리 등이 있다.
국민경제자문회의는 '국민경제의 발전을 위한 전략 및 주요정책방향의 수립', '국민복지의 증진과 균형발전을 위한 제도의 개선과 정책의 수립', '국민경제의 대내외 주요 현안과제에 대한 정책대응방향의 수립' 등에 관하여 대통령의 자문에 응하도록 되어 있다. 1987년「헌법」제93조를 통해 국민경제자문회의의 설치 근거를 마련하고 있으며, 1999년「국민경제자문회의법」이 제정되었다. 그리고대한상공회의소 회장 등 민간위원 10명을 위촉하고 사무처 조직을 설치하였다. 2001년에는 민간 위촉위원을 10명에서 30명으로 확대하였으며 2003년부터 자문 기능 강화와 시의 적절한 자문기능 수행을 위해서 거시경제회의, 외국경제인회의, 경제정책협의회, 금융허브회의, 물류경제자유구역회의, 대외경제위원회, 산업통상회의, 복지노동환경회의, 부동산정책회의 등 분야별 회의를 운영하고 있다. 국민경제자문회의는 의장 1인, 부의장 1인, 당연직 위원 2인, 위촉위원 30인 이내 및 지명위원으로 구성되며, 의장은 대통령이 되고 부의장은 위촉위원 중에서 선출한다.
민주평화통일자문회의는 통일의지와 역량을 결집하여 민족의 염원인 평화통일을 구체적으로 실천하고자 하는 시대적 상황과 국민적 여망을 반영하여, 1980년대 초반에 범국민적 통일기구로 설립되었다. 다변화하는 주변국의 정세에 탄력적으로 대응하며 통일시대에 대비하기 위해서 초당적, 범국민적 차원에서 통일정책을 수립하고 추진해나가는데 그 의미가 있다. 대통령이 위촉하는 7천인 이상의 자문위원으로 구성된다. 그리고 대통령이 의장이며, 의장은 출신지역과 직능을 참작하여 20인 이내의 부의장을 임명한다. 위원의 임기는 2년이며 연임이 가능하다.
대통령의 경호를 담당하게 하기 위하여 설치된 대통령경호실은 대통령과 그 가족 뿐만 아니라, 당선이 확정된 대통령 및 전직 대통령, 그리고 경호가 필요한 국내외 요인에 대한 경호도 담당할 수 있도록 하고 있다. 경호실장은 대통령이 임명하며 대체적으로 별정직으로 보하고 있다.
국무총리는 대통령을 보좌하며 행정에 관하여 대통령의 명을 받아 행정 각부를 통할하는 역할을 맡고 있는 헌법 기구이다. 국무총리는 국회의 동의를 얻어 대통령이 임명하며, 국무총리의 임명에 대한 국회의 동의는 재적의원 과반수의 출석과 출석의원 과반수의 찬성으로 의결한다. 국무총리의 국정보좌 역할을 내실있게 되도록 하기 위해 국무총리의 보좌기관으로 국무총리비서실과 국무조정실을 두고 있다. 그리고 국무총리 직속기관으로 기획예산처, 법제처, 국정홍보처, 국가보훈처를 두고 있다.