대통령의 국정운영을 보좌하는 기관으로 민주평화통일자문회의, 국민경제자문회의, 국가과학기술자문회의, 대통령비서실과 경호실 등이 있으나, 행정각부를 통할하면서 대통령을 보좌하는 기관은 국무총리이다.

민주평화통일자문회의는 평화통일정책이 수립에 관한 대통령의 자문에 응하기 위한 조직이며, 국민경제자문회의는 국민경제의 발전을 위한 중요 정책의 수립에 관하여 대통령의 자문에 응하기 위한 조직이다. 국가과학기술자문회의는 과학기술 혁신과 정보 및 인력의 개발 등 과학기술 정책의 발전방향에 관한 사항, 과학기술 개발을 촉진하기 위한 제도의 발전에 관한 사항, 기타 과학기술 분야에 관하여 대통령이 부의하는 사항 등에 대해 대통령에게 자문하는 기능을 수행한다. 그리고 대통령 비서실은 대통령의 국정수행 보좌에 관한 사무를 관장하며, 경호실은 대통령 및 그 가족의 경호를 담당하고 있다.

국회의 동의를 얻어 대통령이 임명하는 국무총리는 대통령의 국정운영을 보좌하면서도 행정에 관하여 대통령의 명을 받아 행정 각부를 통할한다. 국무총리의 국정통할 기능을 강화하기 위해 국무총리의 보좌기관으로 국무총리비서실과 국무조정실을 두고 있다. 국무총리비서실은 비서실장 산하에 정부수석비서관, 민정수석비서관, 공보수석비서관, 의전비서관 등이 있으며, 정당 및 국회와 행정부간의 업무 협조, 주요 정책 현안 점검 및 분석 등의 역할을 수행하고 있다. 국무조정실은 국무총리의 내각 통할기능을 보좌하기 위하여 각 중앙행정기관 및 국무총리소속기관에 대한 지휘 감독, 정책조정, 심사평가 및 규제개혁에 관한 사항, 기타 국무총리가 지시하는 사항을 관장한다. 국무조정실 직제에서는 국무총리의 내각 통할기능에 대한 원활한 보좌를 위해 국무조정실에 기획차장과 정책차장을 두며, 기획차장 산하에 기획관리 조정관, 심사평가조정관, 규제개혁조정관을 두고, 정책차장 산하에는 경제조정관과 사회문화조정관을 두고 있다. 그리고 국정현안으로 부각된 사안이나 다부처 관련 정책들을 원활히 추진하기 위해 각종 기획단을 운영하고 있는데, 한일수교회담문서공개등 대책기획단, 용산민족역사공원건립추진단, 저출산고령화대책연석회의지원단, 의료산업발전기획단, 규제기획단 등을 두고 있다.