1997년 한국과학기술원에서 시범 운영한 이후 2001년에는 전국 12개 지역에서 15개가 설치 운영되고 2007년 현재 총 27개의 영재교육원이 운영되고 있다.
전국 단위 및 대학별 주요 과학영재교육원
(1) 영재교육연구원(http://gifted.kedi.re.kr/)
(2) 강릉대학교 과학영재교육원(http://gifted.kangnung.ac.kr/)
(3) 강원대학교 과학영재교육원(http://www.kangwon.ac.kr/~gifted/)
(4) 경남대학교 과학영재교육원(http://nobel.kyungnam.ac.kr/)
(5) 경북대학교 과학영재교육원(http://www.secgy.org/)
(6) 경상대학교 과학영재교육원(http://gifted.gnu.ac.kr/)
(7) 경원대학교 과학영재교육원(http://isay.kyungwon.ac.kr/)
(8) 공주대학교 과학영재교육원(http://gifted.kongju.ac.kr/)
(9) 군산대학교 과학영재교육원(http://web.kunsan.ac.kr/~gifted)
(10)대구교육대학교 영재교육원(http://gifted.dnue.ac.kr/)
(11)대진대학교 과학영재교육원(http://gifted.daejin.ac.kr)
(12)목포대학교 과학영재교육원(http://gifted.mokpo.ac.kr)
(13)부산대학교 과학영재교육원(http://gifted.pusan.ac.kr/)
(14)서울대학교 과학영재교육원(http://gifted.snu.ac.kr/gifted/)
(15)서울교육대학교 과학영재교육원(http://genius.itank.net)
(16)순천대학교 과학영재교육원(http://secgy.sunchon.ac.kr)
(17)아주대학교 과학영재교육원(http://cge.ajou.ac.kr)
(18)안동대학교 과학영재교육원(anu.andong.ac.kr/~gifted/)
(19)연세대학교 과학영재교육원(http://tobit.yonsei.ac.kr/~gifted/)
(20)울산대학교 과학영재교육원(http://gifted.ulsan.ac.kr)
(21)인천대학교 과학영재교육원(http://isep.incheon.ac.kr/)
(22)전남대학교 과학영재교육원(http://csge.chonnam.ac.kr/)
(23)전북대학교 과학영재교육원(http://gifted.chonbuk.ac.kr/)
(24)제주대학교 과학영재교육원(http://gifted.cheju.ac.kr)
(25)창원대학교 과학영재교육원(http://www.cege.or.kr)
(26)청주교육대학교 과학영재교육원(http://www.cucocr.org/ROOT/index.jsp)
(27)충남대학교 과학영재교육원(http://gifted.cnu.ac.kr)
(28)카이스트 과학영재교육원(http://gifted.kaist.ac.kr/)
가. 선발
학생선발 교육프로그램 등 교육에 관한 사항은 대학에서 자율적으로 운영한다.
나. 교육과정
각 센터에서는 수학 과학과목에서 우수한 초 중등학생을 대상으로 방학기간 및 주말을 이용해 연간 약 100시간의 수학 과학교육을 실시한다.
이를 통해 과학영재들의 타고난 잠재적 능력을 조기에 최대한 개발 신장하고 아울러 현 과학영재교육시스템과의 연계를 강화해서 국가 과학영재 육성사업의 상승작용을 위한 활동을 전개한다.
다. 지원
1년 단위로 연장해 지원하되 사업 추진 실적을 점검하고 3년 단위로 정밀평가를 실시해 그 결과에 따라 사업의 계속 지원 여부 및 지원 금액을 차등화 하고 있다.
조성은· 이화국,〈과학영재교육센터의 학생 선발에 관한 연구〉《과학교육논총》Vol.25, 2000, 25-52쪽.
김하석,《과학영재교육원 특화모델 설정 및 지원 방안》한국과학재단, 2006
한국과학재단,《희망나무를 심는 사람들(과학영재교육원홍보책자)》, 2007
과학기술처/과학기술부,《과학기술연감》, 각 연도