조달청은 기업회계 관청으로서 일반 행정기관과 같이 「정부조직법」의 적용을 받아 운영되고 있으나, 조달사업에 필요한 회계사항은 사업상의 경영 합리화를 도모하기 위해서 일반회계와는 달리 특별회계로 운영하고 있다. 특별회계란 국가의 회계 중 특정 세입으로 특정 세출에 충당함으로써 일반의 세입 · 세출과 구분하여 계리하는 회계제도를 의미하는데 이는 특히 정부가 사업을 운영하는 경우에 수지를 명백히 함과 아울러 집행기관의 재량범위를 넓혀줌으로써 능률의 증진과 경영의 합리화를 기할 수 있는 이점이 있다.

조달청은 1948년 임시외자총국으로 출범한 이래 외자청에 이르기까지「외자특별회계법」을 적용하여 오다가 1961년 10월 조달청으로 개편되면서부터「조달특별회계법」을 제정하여 회전기금을 보유하는 등 특별회계로 운영되어 왔고, 1961년 12월 31일 「기업예산회계법」의 제정으로 1963년도부터는 동법의 적용을 받는 정부기업 특별회계로 운영되고 있다. 따라서 조달특별회계는 회계계리에 있어서 발생주의 원칙을 적용하고 운용상의 탄력성과 신축성 등 정부기업회계로서 특징을 가지고 있다.

한편, 조달사업의 효율적인 수행을 위해서 1967년도에「조달기금법」의 제정으로 ‘조달기금’을 설치 · 운영하여 오다가 1994년 1월 5일「조달사업에 관한 법률」의 제정으로 「조달기금법」이 폐지되었고, 조달기금은 정부재정개혁의 일환으로 각종 기금의 통폐합 조치에 따라 「기업예산회계법(제20조)」에 규정된 ‘회전자금’으로 대체 · 운용되고 있다. 회전자금은 조달사업을 효율적으로 운영하기 위해 조성된 자금으로서 조달기금과 실질적인 내용에서는 별 다른 차이가 없다고 할 수 있으며, 자금을 세입 · 세출예산과 달리 계속 반복적으로 회전(입·출금)하면서 운용되는 특징을 가지고 있다.

일반적으로 조달특별회계는 협의의 조달특별회계와 회전자금(구, 조달기금)까지 포함하는 광의의 조달특별회계로 구분하고 있다. 조달특별회계(협의)는 정부수요물자 및 비축물자(중요물자)의 구매 · 운송 · 조작 · 보관 · 공급과 정부소요기관의 시설공사 계약과 감리 및 그에 따르는 사업 등 조달사업을 통한 수수료 등을 주요 세입으로 하고 조달사업의 효율적인 운영을 위한 제반시설과 기구, 비품의 유지관리와 인건비, 기타 행정 관리비의 지출에 충당하는 등 세입 · 세출예산 형식으로 운영된다. 한편 회전자금(구, 조달기금)은 조달특별회계(협의)의 전출금과 일반회계 등, 타 회계로부터의 전입금 등으로 조성되고(단, 구 조달기금의 경우에는 결산상 잉여금으로 조성되었음), 조달물자 등의 구매대금으로 납품업체에게 우선 지급한 후 이를 수요기관으로부터 다시 받아들이며, 비축물자의 경우는 비축물자의 구입대금으로 지출된 후, 비축물자의 방출(판매)시에는 다시 판매대금을 받아들여 회전자금에 보충(수입)되므로 항상 조성된 자금수준(규모)으로 유지된다. 현행 조달사업회계는 관리부분인 협의의 조달특별회계와 사업부분인 회전자금회계로 구분하고 회전자금회계는 다시 수요물자사업과 비축물자사업으로 구분하여 계리하고 있다.

조달청,《조달청 50년사》, 1999