1965년에 어업협정이 체결된 후 10여 년이 경과하면서 문제가 불거져 나오기 시작했다. 즉, 1977년에 미국과 소련이 200해리 어업보존수역을 시행하자, 일본 역시 그 해 5월에 자국 연안으로부터 200해리까지의 모든 자원에 대해 독점적 권리를 행사할 수 있는 배타적 경제수역(EEZ)을 선포하였다. 이어 일방적으로 '트롤어선 조업금지 라인'을 설정하고, 1979년 홋카이도[北海島] 주변수역에서 조업하는 한국 트롤어선단에 조업을 저지한 이른바 '무로랑 사건'을 일으켰다. 이후 한일 간의 어업분쟁이 격화되자 양국은 1980년 10월 합의를 통해 자율적 규제라는 일종의 신사협정을 맺었다. 그러다 1982년에「유엔해양법」협약이 채택되고, 1994년 11월부터 공식적으로 효력이 발생하면서 1965년에 당시의 「한일어업협정」도 새로운 국제어업 환경에 맞게 정비하지 않을 수 없게 되었다. 더욱이 일본이 1996년 200해리 EEZ제도를 선포하고 구 어업협정을 일방적으로 파기시키면서 새로운 어업협정 체결이 필요해졌다. 이후 1997년 7차례, 1998년 8차례의 공식협상을 거쳐 그해 10월 9일 신 한일어업협정에 가서명하고, 11월 28일에 서명한 데 이어, 1999년 1월 6일에 국회 비준을 거쳐 1월 22일부터 정식 발효하였다.

신 어업협정의 주요 내용은 EEZ의 설정, 동해 중간수역 설정, 제주도 남부수역 설정, 전통적 어업실적 보장 및 불법조업 단속, 어업공동위원 설치 등이다. 그러나 신 어업협정이 체결될 당시부터 한국 측이 일본 측의 주장을 상당 부분 수용했다는 비난이 계속 제기되기 시작해 이 협정 만료일인 2002년 1월 22일을 불과 3개월 앞둔 시점까지도 찬반양론이 거듭되었고, 특히 남 쿠릴열도 해역에서 한국 어선들의 꽁치조업이 금지당할 위기에 처하면서 정부의 미흡한 대응책에 대한 비판이 잇따랐다. 논란 대상은 첫째, 동해에 그어진 중간수역의 범위이다. 신어업협정의 핵심 쟁점으로서 일본 측은 이를 잠정수역으로 표기한다. 한일 양국이 각국 해안선에서 200해리 EEZ를 긋게 되면 어쩔 수 없이 서로 겹치는 부분이 생기게 된다. 따라서 한일 양국은 이 겹치는 수역에 대해 EEZ를 확정하기 전까지 우선 잠정적으로 양국이 공동 조업할 수 있는 구역을 설정하기로 하였는데, 이 구역이 바로 중간수역이다. 협상 과정에서 한국은 동쪽 한계선을 동경 136˚로, 일본은 동경 135˚로 고수하다 결국 135.5˚로 합의하였고, 중간수역의 해안쪽 경계선은 한국은 연안으로부터 34해리를, 일본은 35해리를 고수하다 35해리로 합의하였다. 둘째, 독도의 영유권 문제로, 한일 양국은 이 문제를 놓고 격론을 벌인 끝에 영유권 문제를 명시적으로 언급하지 않았다. 즉 영유권 문제는 차후 해결하기로 하고, 협정문에 독도를 지명으로 표기하지 않는 대신 좌표로만 표기하였다.

정부는 '이 신어업협정은 국제법상 영해를 설정하는 협정이 아니라 어업에 관한 협정'이기 때문에 영유권 문제에 대해서는 언급할 필요가 없고, 이에 대한 언급은 오히려 독도의 영유권에 문제가 있다는 것을 표출하는 결과만 낳는다고 발표하였다. 그러나 중간수역 내에 독도를 위치시킴으로써 일본의 독도 영유권 주장의 근거를 제공했다는 비난이 제기되었다. 결국 한국 영토의 일부인 독도를 기선으로 한 EEZ를 확보하지 못하고, 독도가 한국 전관수역에서 배제된 채 중간수역에 포함시킴으로써 막대한 국가적 손실을 초래하였기 때문에 이 신 한일어업협정을 파기하고 재협상에 임해야 한다는 주장이 일부에서 끊이지 않고 제기되고 있다. 이 협정의 유효 기간은 3년으로 2002년 1월 22일 효력이 만료되는데, 만료 이후 한일 양국 어느 쪽에서도 협정 파기 의사를 밝히지 않는 한 효력은 자동 연장 된다

이원덕,《한일과거사 처리의 원점》서울대출판부, 1996
하영선 편,《한국과 일본: 새로운 만남을 위한 역사인식》나남출판, 1997
이숙종 편,《전환기의 한일관계》세종연구소, 2002
김영작·이원덕 편,《한국에게 일본은 무엇인가?》한울, 2006
최상용·이면우·이원덕 저,《탈냉전기 한일관계의 쟁점》집문당, 1999

1965년 6월 22일에 체결해 그 해 12월부터 발효된 「한일어업협정」을 구협정이라고 부른다면 이 어업협정을 파기하고 1998년 11월 28일, 한일 양국 사이에 다시 체결해 이듬해 1월 22일부터 발효된 협정을 「신 한일어업협정」이라고 말할 수 있다. 1965년의 구 어업협정은 점차 시간이 경과하면서 많은 새로운 문제점에 직면하게 되면서 개정의 필요성이 제기되었다. 구 어업협정에 큰 불만을 지니고 있던 일본은 마침내 1998년 1월에 일방적으로 구 어업협정의 파기를 선언하기에 이르렀다. 이러한 상황에서 한일양국은 새로운 어업질서를 수립하기 위한 교섭에 돌입하게 되었다.