1999년에는 우리나라의 PKO 참여 역사상 최초로 동티모르에 보병부대를 파견하였다. 역사적으로 동티모르는 포루투갈의 지배하에 있어왔고 1974년에 포루투갈이 동티모르에 임시정부와 동티모르의 지위를 결정할 국민의회의 소집을 추진하면서 독립을 주장하는 주민과 인도네시아와의 결합을 주장하는 주민 사이에 내전이 발발하였다. 사태 수습에 실패한 포루투갈은 동티모르에서 철수하고 UN의 승인없이 인도네시아가 무력으로 동티모르를 점령하였다. 1982년부터 UN은 동티모르의 지위를 결정하기 위한 〈인도네시아―포루투갈 회의〉를 중재하고 1999년 5월 동티모르에 제한된 자치정부 허용에 대한 합의를 이끌어 내었다. 인도네시아와 포루투갈은 제한된 자치안에 대한 동티모르 주민들의 투표 실시를 UN에 의뢰하였고 UN은 이를 위해 안전보장이사회 결의안 1246에 기초하여 1999년 6월 UNAMET (UN Mission in East Timor)을 결성하였다. 1999년 8월 초 동티모르의 독립여부를 묻는 주민투표결과 발표 후 발생한 친인도네시아 민병대의 폭력 및 인명살상은 민주주의와 인권에 대한 중대한 도전이었을 뿐만 아니라 아태지역 평화와 안정을 위협하였다. 이에 UN안전보장이사회는 결의안 1272를 통해 동티모르의 독립국가로의 과도기 동안 행정을 책임질 다국적 평화유지군UNTAET (UN Transitional Administration in East Timor) 파병하기로 하였다.

한국은 김대중 대통령의 국민정부 출범 이후 민주주의, 시장경제, 인권 등 인류보편적 가치의 신장과 범세계적 문제해결에 기여하는 외교를 표방하였다. 이와 같은 입장에서한국은 전세계 거의 모든 국가가 참여하는 보편적 국제기구로서, 21세기에 인류가 공통으로 직면한 다양한 도전에 공동으로 대처하는 데에 적절한 UN의 활동에 적극 참가해 왔다. UN은 국제평화와 안전유지를 위한 한 방편으로 UN평화유지군(UN Peacekeeping Operation, UNPKO)을 사용하고 있는데 1948년 시작된 이래 UNPKO는 세계분쟁지역에서 평화 회복과 유지에 크게 공헌하여 왔다. 특히 냉전종식 후 국가간 분쟁보다는 민족, 종교 등의 갈등에 의한 국가내 분쟁이 빈번해짐에 따라 UNPKO의 역할이 확대되고 그 중요성이 증대되어 왔다. 한국은1993년 7월에 소말리아 공병부대 파견을 시작으로 서부사하라에 의료부대(1994년 9월), 앙골라에 공병부대(1995년 10월)를 파견하는 등 UNPKO활동에 참여해 왔다.

한국의 파병은 1999년 9월에 UN사무총장으로부터 파병을 요청하는 공식서한 접수에 기초한다. 그러나 이에 앞서 인권외교를 강조해온 김대중 대통령은 〈아시아－태평양 경제협력체(APEC) 정상회담〉에서 “국제적으로 잔학한 인권유린 행위가 벌어지고 있는 동티모르 사태를 그냥 볼 수 없다"며 동티모르의 독립을 지원하겠다는 의사를 밝히고, 국제사회의 적극 개입과 평화유지활동을 주도하기 위해 한국군 파병 의사를 피력한 바 있다. 당시 일부에서는 인명손실을 우려, 전투부대 파병을 반대하기도 하였으나 9월 국회에서 야당의원들이 집단 퇴장한 가운데 160명의 의원이 투표에 참가해 158명의 찬성으로 파병동의안을 가결시켰다. 한국군의 임무는 동티모르의 평화와 안정을 회복하고, 난민호송 등 인도적 구호활동 지원과 UN 동티모르 파견단의 임무수행을 지원, 보호하는 것이었다. 파병인원은 총 444명(상록수부대 436명, 유엔평화유지군사령부 참모 8명)으로 12개 파병국가 중 9위의 병력이었으며 동티모르 동부지역인 로스팔로스에 배치되어 4년 동안 모범적인 치안유지 및 주민구호활동을 전개함으로써 대외적으로 우리나라와 우리군의 위상을 높였다.

동티모르에 한국군 파병은 UN의 집단적 국제평화유지활동에 적극 참여하고 민주주의와 인권신장을 위한 국제사회 노력에 동참하려는 한국정부의 의지의 표현이었다. 또한 동티모르에 평화유지군 파견은 초기에 비파견국과의 외교갈등 유발에 대한 우려를 불식시키고 동남아시아 국가들과 새로운 관계를 정립하고 한국의 국익을 구현할 수 있는 기반을 조성하였다. 이후에도 한국은 부대단위로 PKO활동에 참가하는 것 이외에, 다른 PKO에 장교들을 군 감시단으로 참여시키기도 하여 인도 파키스탄 감시단(UNMOGIP)에 9명, UN 그루지아 감시단(UNOMIG)에는 3명의 장교를 파견하였다.

외교통상부,《외교백서》, 2000
국방부 웹사이트 세계속의 한국군-UN 평화유지 활동
(http://www.mnd.go.kr/policyFocus/koreanSolider/peace/index.jsp)
유엔 평화유지군 (http://www.un.org/peace/etimor/etimor.htm)
서세호《동티모르 사태와 상록수부대의 성과 및 영향 연구》
(http://www.imhc.mil.kr/imhcroot/upload/resource/56-09.hwp)