한일회담에서 어업·평화선 교섭은 매우 중요한 부분을 차지한다. 일본을 점령한 주일 연합국사령부는 일본의 무절제한 어로방지를 위해서 일본열도 주변에 맥아더라인을 설정한 바 있다. 한국 측은 1951년 「샌프란시스코 평화조약」 제9조에 의거하여 일본에 「어업협정」 교섭을 제의하였다. 1952년 한국은 평화선을 선포하게 된다. 평화선을 선포하게 된 배경은 1) 일본이 어업문제 교섭을 거부한 데다 2) 「샌프란시스코 강화조약」 발효로 맥아더라인이 철폐될 것으로 예상되었으며 3) 일본 어선의 무질서한 출어방지, 어업 자원보호 및 어민권익을 보장하기 위해서 선제적 조치를 취하였다. 일본 측은 평화선 선포에 대해 강력 항의하고 이는 공해자유 원칙에 위배되며 공해에 국가주권을 선언한 국제관례는 없으며 독도를 평화선에 포함시킨 것은 영토침해라고 주장하였다. 그러나 한국은 해양주권 선언은 국제관례에 따른 것이며 식민통치시 한국어업 발전저해 및 빈번한 맥아더 라인 위반사실을 지적하는 한편 독도는 SCAPIN 677호(1946.1.29)에 의거, 일본영토에서 제외되었다는 점을 주장하였다.
제1차 회담에서 제5차 회담까지 어업 교섭에서 한일 간 평화선을 둘러싼 법적논쟁으로 시종일관하여 성과는 별로 없었다. 한국은 연안국의 특수이익 인정, 일정 접촉 수역에서의 어업관할권 보유, 연안국 단독 규제권 보유, 공동수역에서의 공동 규제권 보유를 주장한데 반해, 일본은 공해자유원칙을 원용하여 한국의 평화선을 부인하는 입장을 일관되게 견지하였다.
제6차 회담에서 제7차 회담에서도 어업자원상태 등 실질 토의를 시작하였으나 교착상태가 거듭되자 한국 측은 독점어업수역 및 공동규제수역을 주장하고 일본 측이 독점어업 수역 12해리, 외측 6해리에 대한 향후 10년간 어로권을 보장할 것을 요구하였다. 때마침 김종필·오히라 메모로 청구권 문제 타결이 종결되자 어업문제에 대한 활발한 토의가 전개되었다. 이에 따라 1964년 3월 〈원용석·아카키 농상회담〉에서 의견이 대폭 조정되고 1964년 12월 3일 〈제7차 회담〉부터 기선 설정문제 및 제주도 주변수역 어로선 결정문제가 토의되어 합의를 향한 논의가 계속되었다.
마침내 어업교섭은 1965년 4월 3일 합의에 이르렀고 이 합의를 바탕으로 가조인이 이루어졌다. 합의내용은 다음과 같다. 「어업협정」의 목적을 어업자원의 최대지속적 생산성유지, 자원의 보호와 개발, 공해 자유의 원칙 존중, 분쟁의 원인 제거 및 어업 발전을 위한 상호 협력에 두고 어업전관 수역에 관해서 12해리 어업전관 수역을 인정하고 직선기선 사용 시 타방체약국과 협의하도록 규정하였다. 공동규제 수역에서의 어업활동과 관련하여 가) 어획량은 년 간 15만 톤(+15,000톤 이내 허용) 나) 출어척수에 관해서 625척으로 합의하고 다) 단속 및 재판 관할권에 관해서는 기국주의를 채택함으로써 한국은 일 어선 정선, 인검, 나포 조치가 불가하게 되었다. 기타 어업협력에 관해서는 상업차관 3억불 중 9,000만 불을 어업협력자금에 충당키로 합의하고 어업에 관한 정보 및 기술의 교환, 어업전문가 및 기술자의 교류 등을 합의하였다.
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